Ebben az időben már a magyar nemzetnek majd kétharmad része protestáns volt. Az üldözés, az elkeseredés nemhogy irtotta volna, de nevelte a reformáció híveinek számát, a főurak legelőkelőbbjei áttértek.

Thurzó nádorsága alatt rendezték magukat a protestánsok superintendentiákra, tartottak általános zsinatot, kiszabadultak a katholikus püspökök felügyelete, s azoknak fizetett egyházi adó alól: közhivatalviselésre bocsáttattak, templomaik, iskoláik visszaadattak, főiskoláik gazdag alapítványok által virágzó állapotba emeltettek.

Ekkor emelte föl a fejét az ellenhatás, a nagy tehetségű Pázmány Péter személyében. Ez az éles eszű férfiú átlátta, hogy üldözéssel, elnyomással, barbarizmussal a magyar nemzetből a reformációt ki nem lehet irtani, hogy azon hitvallás ellenében, mely mellett a tudomány, felvilágosodás és nemzeti érzület harcol, a tudatlanság, sötétség és idegen zsarnokság fegyvereivel nem lehet győzni; ez ellen a harcot csak hasonló eszközökkel lehet folytatni, a szó lángerejével, a tudomány ellenhatásával, bőkezűséggel és nemzeti kifejlődéssel.

És feladata sikerült. A szellemi és erkölcsi eszközökkel megfordította az eddigi arányt, s midőn a protestantizmus a nádor vezérlete alatt legfényesebb korszakát élte Magyarországon, akkor sikerült Pázmánynak a visszatérést nagymértékben keresztülvinni, amibe elődei mind belebukának.

S ez eddig szép és nemes tusa volt, szellem szellem ellen, hit hit ellen, tiszta meggyőződés, lelki buzgóság mind a két táborban, anyagi erő hatalmaskodása nélkül. Pázmány Péter, a jezsuita és Lányi Illés, a református pap vitáit ma is érdekkel olvashatjuk.