| Sorozatszerkesztők: | Drótos László |
| Kokas Károly | |
| Lektor: | Murvai János |
2.1. Speciális Usenet hírcsoportok
2.2. LISTSERV-et használó levelezési listák
2.3. Egyéb levelezési listák
4.1. Bibliográfiák
4.2. Molekuláris biológiai adatbázisok
4.3. Katalógusok (directories)
4.4. Szoftverek
4.5.Archívumok listája
6.1. A Magyar Embnet csomópont
A molekuláris biológiában hamar kezdtek számítógépes módszereket alkalmazni, és különösen a szekvencia analízis, szekvencia adatbázisok használata megkövetelte a nagy teljesítményű, nagy háttértároló kapacitással rendelkező gépek használatát. Ezen okok miatt az Internet már viszonylag korán fontossá vált a molekuláris biológusok számára, és sok más diszciplinánál vagy a biológia más ágainál előbb teret hódított a hálózatokon.
Napjainkban a molekuláris biológusok jelentős része rá van utalva a hálózatokra, mivel fontos adatbázisokat más módon nehezen vagy nem tud elérni. Másrészt a hálózatban rejlő egyéb lehetőségek - az elektronikus kapcsolattartáson keresztül a nagyszámú szabad softver eléréséig - is egyre vonzóbbak.
Jelenleg a fejlődés is igen gyors: a különféle genom programok következtében a szekvencia adatbázisok mérete gyorsan növekszik, mindemellett egyre több új és új adatbázis jelenik meg, lesz elérhető. A molekuláris biológiai adatbázisok száma is az utóbbi időben évenként közel megduplázódott, és egyre kényelmesebb mind elérni, mind használni ezeket.
A füzet írása közben állandó problémát jelentett a lehetőségek, címek állandó változása, s mire a szerzők az írás végére jutottak, már meg is kellett kezdeni az átdolgozást, az adatok pontosítását. Sajnos nem is lehet naprakész változatot létrehozni, biztosan sok minden elavul, és még több új lehetőség említetlenül marad, mire az olvasók kézhez kapják e füzetet. Mindenesetre reméljük e füzetecske az elinduláshoz segítséget nyújthat, s általános áttekintést is ad.
Azoknak, akik most kezdenek ismerkedni a nemzetközi hálózatok használatával feltétlenül ajánljuk az IIF füzetsorozat hálózati alapismereteket tárgyaló részeit.
Köszönetnyilvánítás
A szerzők köszönettel tartoznak lektoruknak, Murvai Jánosnak és Drótos Lászlónak, az IIF füzetsorozat felelős szerkesztőjének értékes megjegyzéseikért, tanácsaikért.
Megjegyzés:
Ez a füzet az IIF füzetsorozat hivatalos Internet elérési helyén kívül elérhető lesz az alábbi helyen:
anonymous ftp://spike.fa.gau.hu/pub/document/iif_fuzetek/ és http://www.iif.hu/dokumentumok/
ill. ugyanitt Gopheren, WWW-en.
A számítógépes hálózatokon ma már könnyen hozzáférhetünk olyan információkhoz, amelyek hasznosan járulnak hozzá mindennapi munkánkhoz; találhatunk szakmai álláshirdetéseket, konferenciákról és találkozókról szóló értesítéseket, tudományos közleményeket, valamint megvitathatjuk bármely felmerülő problémánkat az adott szakterület számos képviselőjével. A legkülönbözőbb tudományos érdeklődési körű csoportok ugyanis (szűkebb szakmai körök és érdeklődő laikusok egyaránt) elektronikus vitacsoportokat, újságokat, témák szerinti kivonatokat működtetnek, amelyek többsége angol nyelvű. Ezeket a szolgáltatásokat főként a USENET hírcsoportjai és a levelező listák nyújtják, amelyeket sok esetben átjárók (gateway-ek) kapcsolják össze. Jelenleg körülbelül 100 hírcsoport és 250 levelező lista tarthat számot a biológus szakemberek érdeklődésére. Becslések szerint 10000-es nagyságrendű azok száma, akik olvassák a USENET biológiával kapcsolatos hírcsoportjait (Reid, 1993).
A Useneten az üzenetek kétféle úton kerülnek továbbításra: a USENET news szoftver segítségével, valamint elektronikus levelezéssel (e-mail). A news szoftvert használóknak nem kell fel- és kiiratkozniuk, egyszerűen olvashatják a leveleket, illetve válaszolhatnak azokra. Használatával és beszerzésével kapcsolatban a helyi rendszermenedzserhez fordulhatunk segítségért. E-mailen keresztül is megoldható a levelek fogadása és küldése, de a szoftver használata célszerűbb.
A hírcsoportok és levelezési listák többsége nem moderált, ami azt jelenti, hogy az üzeneteinket szabadon, felülbírálat nélkül tehetjük közzé. A moderált csoportok esetében ugyanakkor egy felügyelő személy válogatja ki az üzeneteket és csoportosítja vagy tömöríti azokat kérdéskörök szerint.
Mielőtt azonban bekapcsolódnánk a levelezésbe hozzászólásainkkal, ajánlatos tájékozódni a bekapcsolódás, levelezés módjáról, a kialakult szokásokról, etikettről. Ennek megkönnyítése érdekében számos dokumentációt állítottak össze a kezdők és érdeklődők részére, amelyek a hálózatokon gyakran ismételt kérdésekre (Frequently Asked Qustions = FAQ) adott válaszok összefoglalását tartalmazzák. Ezeket Usenet news.announce.newusers, valamint a news.answers és sci.answers csoportokban teszik közzé. FTP-vel elérhető FAQ tárat találhatunk az rtfm.mit.edu címen a pub/usenet/news.answers könyvtárban.
2.1. Speciális Usenet hírcsoportok
-BIOSCI/bionet hírcsoportok
A BIOSCI hírcsoportokat a különböző számítógépes hálózatokon dolgozó biológus szakemberek számára hozták létre annak érdekében, hogy a kutatók közötti kommunikációt és az információáramlást elősegítsék. Több szervezet támogatja az Egyesült Államokban (NIH, NSF és Department of Energy), valamint az Egyesült Királyságban. A szolgáltatásokhoz a felhasználók ingyenesen férhetnek hozzá, akárcsak a fentebb említett hírcsoportokhoz és levelezési listákhoz. A felhasználók csak non-profit célból vehetik igénybe, profitorientált szervezetek és személyek számára a hirdetések és egyéb tevékenységek tilosak.
A BIOSCI üzenetek a Usenet hírcsoportokba, valamint (az alábbiakban nyomtatott nagybetűkkel jelzett nevű) levelező listákra kerülnek továbbításra. A Usenet hírcsoportok tartalma azonos a megfelelő listákéval. A hírcsoportokba való fel- és kiiratkozás módja, a hírcsoportok legfrissebb listája, a legfontosabb e-mail címek, valamint a gyakran ismételt kérdések (FAQ) gyűjteménye megtalálható a BIOSCI információs hírlapban (The BIOSCI Electronic Newsgroup Network Information Sheet), amelyet a következő e-mail címen kérhetünk le: biosci@daresbury.ac.uk (a lehető legtömörebben fogalmazva, ugyanis az ezen a címen dolgozó személyzet hatalmas mennyiségű adminisztrációs munkát bonyolít le), valamint közzétesznek minden hónapban a BIONEWS/bionet.announce csoportban.
A hírcsoportok többsége a nevük által is megjelölt szakmabeliek szűk csoportja számára üzemel, míg néhány csoport általános információkat ad valamennyi felhasználó, illetve a kezdők számára.
Néhány fontosabb specifikus hírcsoport (címük az alábbiakban megtalálható):
BIONAUTS/bionet.users.addresses: Ez a csoport a biológusokat kívánja segíteni abban, hogy más szakmabeliek e-mail címét megszerezhessék (a siker ebben természetesen nem garantálható). Ezen kívül a bionet.users.addresses megfelelő fórum arra is, hogy levelezéssel vagy hírolvasó programmal kapcsolatos kérdéseket tegyünk fel, vagy bármilyen - az esetleges tapasztalatlanságunkból eredő - hálózattal (pl. WAIS, gopher) kapcsolatos kérdéseket.
BIONEWS/bionet.announce: Ez egy moderált hírcsoport, amelynek célja, hogy a legtöbb felhasználó számára fontos híreket közöljön a BIOSCI/bionet-en bekövetkező változásokról, konferenciákról, tanfolyamokról, találkozókról. A feliratkozást mindenki számára javasolják.
BIOFORUM/bionet.general: Ide küldhetjük el az egyetlen többi hírcsoport témájába sem eső leveleinket; új hírcsoport indítási szándékunk esetén itt kelthetjük fel mások érdeklődését.
BIO-JOURNALS/bionet.journals.contents: Itt több mint 30 biológiai folyóirat tartalomjegyzékében böngészhetünk már 1-2 héttel a megjelenés előtt. (Az érdekesebbek listája a Bibliográfiák fejezetben megtalálható). Ide az olvasók természetesen nem küldhetnek levelet.
EMPLOYMENT/bionet.jobs: A non-profit szektor biológusoknak szóló álláshirdetéseit olvashatjuk itt, és itt tehetjük közzé álláskereső hirdetéseinket is.
A legfontosabb molekuláris biológiai témakörű BIOSCI hírcsoportok a következők:
Hírcsoport: Témakör: bionet.molbio.ageing sejtek és szervezetek öregedése lista név: AGEING cím: ageing@daresbury.ac.uk bionet.molbio.bio-matrix biológiai adatbázisok számítógépes keresése lista név: BIO-MATRIX cím: biomatrx@daresbury.ac.uk bionet.molbio.embldatabank EMBL nukleinsav adatbázis információ lista név: EMBL-DATABANK cím:embl-db@daresbury.ac.uk bionet.molbio.evolution evolúció különösen molekuláris lista név:MOLECULAR-EVOLUTION cím:mol-evol@daresbury.ac.uk bionet.molbio.gdb a GDB adatbázis lista név: GDB cím:gdb@daresbury.ac.uk bionet.molbio.genbank a GenBank adatbázis lista név: GENBANK-BB cím:genbankb@daresbury.ac.uk bionet.molbio.gene-linkage genetikai kapcsoltság vizsgálata lista név: GENETIC-LINKAGE cím:gen-link@daresbury.ac.uk bionet.molbio.genome-program Humán Genom Program témakör lista név: HUMAN-GENOME-PROGRAM cím:genome-pr@daresbury.ac.uk bionet.molbio.methds-reagnts labortechnikai és anyag tippek lista név: METHODS-AND-REAGENTS cím:methods@daresbury.ac.uk bionet.molbio.molluscs puhatestűek lista név: MOLLUSC-MOLECULAR-NEWS cím:molluscs@daresbury.ac.uk bionet.molbio.hiv a HIV molekuláris biológiája lista név: HIV-MOLECULAR-BIOLOGY cím:hiv-biol@daresbury.ac.uk bionet.molbio.proteins fehérjék és fehérje adatbázis keresések lista név: PROTEIN-ANALYSIS cím:proteins@daresbury.ac.uk bionet.molbio.proteins.7tms_r G-protein-kapcsolt receptorok lista név:G-PROTEIN-COUPLED-RECEPTOR cím:7tms_r@daresbury.ac.uk bionet.molbio.rapd RAPD lista név: RAPD cím:rapd@daresbury.ac.uk bionet.molbio.yeast élesztő kutatók fóruma lista név: YEAST cím:yeast@daresbury.ac.uk
További, molekuláris biológusokat érdeklő szakmai, valamint fontos információkat (a hálózatokról, a szoftverekről, folyóirat tartalomjegyzéket, tudományos kutatók e-mail címeit, álláshirdetéseket) tartalmazó hírcsoportok az alábbiak (a ** jelzésűek moderáltak):
Hírcsoport: Témakör: bionet.software.acedb ACEDB szoftver használók fóruma lista név: ACEDB-SOFT cím:acedb@daresbury.ac.uk bionet.genome.arabidopsis Arabidopsis genom project vitafórum lista név: ARABIDOPSIS cím:arab-gen@daresbury.ac.uk bionet.general csoport nélküli biológiai témák fóruma lista név: BIOFORUM cím:bioforum@daresbury.ac.uk bionet.users.addresses hálózatok e-mail címek kérdés/felelet fóruma lista név: BIONAUTS cím:bio-naut@daresbury.ac.uk bionet.announce általános bejelentések biológusoknak lista név: BIONEWS** cím:bionews@daresbury.ac.uk bionet.journals.contents biológiai szakfolyóiratok tartalomjegyzékei lista név: BIO-JOURNALS** cím:bio-jrnl@daresbury.ac.uk bionet.biophysics biofizika lista név: BIOPHYSICS cím:biophys@daresbury.ac.uk bionet.software információk biológiában használt szoftverekről lista név: BIO-SOFTWARE cím:bio-soft@daresbury.ac.uk bionet.metabolic-reg biológiai folyamatok kinetikája termodinamikája és szabályozása lista név:BIOTHERMOKINETICS cím:btk-mca@daresbury.ac.uk bionet.software.www új hálózati biológiai információforrások lista név: BIO-WWW** cím:bio-www@daresbury.ac.uk bionet.celegans C. elegans és más nematódák vitafóruma lista név: CELEGANS cím:celegans@daresbury.ac.uk bionet.cellbio általános sejtbiológia és daganatok sejtbiológiája lista név: CELL-BIOLOGY cím:cellbiol@daresbury.ac.uk bionet.chlamydomonas Chlamydomonas és rokonsági köre lista név: CHLAMYDOMONAS cím:chlamy@daresbury.ac.uk bionet.genome.chromosomes eukarióta kromoszómák térképezése és szekvenálása lista név: CHROMOSOMES cím:biochrom@daresbury.ac.uk bionet.biology.computational matematika és számítógép alkalmazások lista név:COMPUTATIONAL-BIOLOGY** cím:comp-bio@daresbury.ac.uk bionet.drosophyla Drosophyla kutatás lista név: DROSOPHYLA cím:dros@daresbury.ac.uk bionet.emf-bio elektromágneses tér és a biológiai rendszerek lista név: EMF-BIO cím:emf-bio@daresbury.ac.uk bionet.jobs biológus álláslehetőségek lista név: EMPLOYMENT cím:biojobs@daresbury.ac.uk bionet.jobs.wanted álláskeresők hirdetései lista név: EMPLOYMENT-WANTED cím:wantjob@daresbury.ac.uk bionet.glycosci szénhidrátok és glikokonjugátok lista név: GLYCOSCI cím:glycosci@daresbury.ac.uk bionet.immunology immunológia lista név: IMMUNOLOGY cím:immuno@daresbury.ac.uk bionet.software.gcg a GCG szoftver vitafóruma lista név: INFO-GCG cím:info-gcg@daresbury.ac.uk bionet.journals.note tanácsok szakmai újságokkal kapcsolatban lista név: JOURNAL-NOTES cím:jrnlnote@daresbury.ac.uk bionet.microbiology mikrobiológia lista név: MICROBIOLOGY cím:microbio@daresbury.ac.uk bionet.molec-model molekula modellezés lista név: MOLECULAR-MODELLING cím:molmodel@daresbury.ac.uk bionet.mycology mikológia lista név: MYCOLOGY cím:mycology@daresbury.ac.uk bionet.neuroscience idegkutatás lista név: NEUROSCIENCE cím:neur-sci@daresbury.ac.uk bionet.biology.n2-fixation biológiai nitrogén fixálás lista név: N2-FIXATION cím:n2fix@daresbury.ac.uk bionet.parasitology parazitológia lista név: PARASITOLOGY cím:parasite@daresbury.ac.uk bionet.photosynthesis fotoszintézis lista név: PHOTOSYNTHESIS cím:photosyn@daresbury.ac.uk bionet.xtallography makromolekulák krisztallográfiája lista név: PROTEIN-CRISTALLOGRAPHY cím:xtal-log@daresbury.ac.uk bionet.protista csillósok és más egysejtűek lista név: PROTISTA cím:protista@daresbury.ac.uk bionet.sci-resources információ tudományos alapítványokról lista név: SCIENCE-RESOURCES** cím:sci-res@daresbury.ac.uk bionet.software.staden Staden szekvencia analízis program fórum lista név: STADEN cím:staden@daresbury.ac.uk bionet.structural-nmr NMR használata a makromolekulák lista név: STRUCTURAL-NMR szerkezetmeghatározásában cím:str-nmr@daresbury.ac.uk bionet.virology virológia lista név: VIROLOGY cím:virology@daresbury.ac.uk bionet.women-in-bio női biológusokkal kapcsolatos témák lista név: WOMEN-in-BIOLOGY cím:womenbio@daresbury.ac.uk bionet.organisms.zebrafish zebradánió fórum lista név: ZBRAFISH cím:zbrafish@daresbury.ac.uk
Valamennyi itt felsorolt molekuláris biológiai hírcsoport két átjáróval kapcsolódik a levelezési listákhoz. Az európai felhasználók a biosci@daresbury.ac.uk címre küldhetnek levelet e-mail feliratkozás céljából. Ne küldjük feliratkozási vagy kiiratkozási szándékunkat a hírcsoport címére, hiszen akkor azt minden tag megkapja! Javasolt, hogy mielőtt bekapcsolódunk valamely hírcsoport tevékenységébe, és mi is levelet szeretnénk küldeni, olvassuk el a BIOSCI FAQ-ot, amelyet a bionet.announce csoportban tesznek közzé vagy megkérhető a BIOSCI munkatársaktól a biosci@net.bio.net címen e-mailen (itt a csoportok tevékenységének rövid összefoglalása is megtalálható), valamint az adott csoport FAQ-ját, amit általában havonta közzétesznek az újonnan bekapcsolódók számára.
Az összes korábbi BIOSCI/bionet üzenet és levél hozzáférhető WAIS (biosci.src és biology-journal-contents.src), gopher (net.bio.net port 70), anonymous ftp (net.bio.net(134.172.2.69)) és Mosaic/WWW (URL is gopher: (net.bio.net)) segítségével. További segítséget nyújtanak a biosci-help@net.bio.net címen.
Arról, hogy hogyan nyithatunk új hírcsoportot, az IIF füzetek egy másik számában találhatunk információt, valamint a BIOSCI/bionet FAQ-ban is részletesen olvashatunk róla. A BIOSCI ezen kívül lehetővé teszi bármely, legalább 500 főt számláló biológiai szakmai társaság részére, hogy egy moderált hírcsoportot létesítsen a szokásos szavazási procedúra nélkül.
-EMBnet hírcsoportok
A későbbiekben részletesebben megemlített Európai Molekuláris Biológiai Hálózat (European Molecular Biology Network=EMBnet) az alábbi USENET hírcsoportokat működteti:
Hírcsoport: Témakör: embnet.news.admin EMBnet segítő hírek adminisztrátoroknak embnet.general általános fórum embnet.net-dev hálózat fejlesztés embnet.rcp adatátvitel technikai kérdései
E-mail feliratkozás lehetséges a nethelp@embl-heidelberg.de címen, a csoportok levelezése olvasható és kereshető gopher-rel és WAIS segítségével a nic.switch.ch gépen.
-Egyéb hírcsoportok
A legkülönfélébb tudományterületeket ölelik fel a sci.* hírcsoportok, melyek száma meghaladja a 70-et. Ezek közül néhány:
Hírcsoport: Témakör: sci.answers tudományokkal kapcsolatos FAQ-ok sci.bio.technology biotechnológia sci.image.processing képfeldolgozás a tudományban sci.techniques.xtallography krisztallográfiai technikák
2.2. LISTSERV-et használó levelezési listák
Az első listservereket már jópár évvel ezelőtt a Bitneten fejlesztették ki, amikor Eric Thomas megírta a LISTSERV nevű számítógépes programot. Ez a program, számos azóta hasonló célra készült programmal együtt, képes elektronikus levelező listákat üzemeltetni és a résztvevők kéréseit kezelni. Ma a LISTSERV-et már számítógépek ezrein használják világszerte.
Molekuláris biológia témakörű listák többek között az alábbiak:
Lista cím: Témakör: biorep-l@hearn.bitnet biotechnológiai kutatás az Európai Közösségben biotech@umdd.bitnet biotechnológiai vitafórum cellwall@ndsuvm1.bitnet növényi sejtfal biológiája chr-x@hearn.bitnet emberi X-kromoszóma molekuláris genetikája cyan-tox@trearn.bitnet cianobaktérium toxinok dis-l@iubvm.bitnet Drosophyla hírlevél embinfo@ibacsata.bitnet EMBNet emflds-l@ubvm.bitnet elektromagnetika (tud. orv.) hum-molg@hearn.bitnet emberi molekuláris genetika meddchem@waynest1.bitnet makromolekula- és gyógyszertervezés molbio-l@mizzou1.bitnet molekuláris biológia proteins@tamvm1.bitnet biotechnológia
Tudományos témakörű - nem csak LISTSERV - levelezési listákról kaphatunk széleskörű téma szerinti leírást Diane Kovacstól (dkovacs@KENTVM.kent.edu) a listserv@KENTVM.kent.edu címről téma szerint önnálló file-okban csoportosítva. A molekuláris biológia témakör listáit az ACADLIST.BIOLOGY file tartalmazza. Ezen file-okat vagy a fent említett listserverről érhetjük el (először egy "get readme" utasítást küldjünk) vagy hivatalos ftp helyén: zeus.kent.edu /library/acadlist. Gopheren, ill. WWW-en is elérhetők, pl. az ursus.bke.hu gopheren magyar/elibhu/lists/acadlist alatt.
A fenti listákra a következő módon lehet feliratkozni: küldjünk üzenetet a kiválasztott lista listserverének (nem pedig a lista!) címére. Ha például a klinikai humán genetika érdekel valakit, akkor a következő szöveg elküldésével lehet feliratkozni:
subscribe molbio-l <saját név>a listserv@INDYCMS.iupui.edu címre. A kiiratkozás hasonlóképpen történik a
unsubscribe <lista név>üzenettel. A levelek beáramlását a
set <lista név> nomailüzenettel függeszthetjük fel átmeneti időre. Az adminisztrációs jellegű kérdéseinket tehát mindig a listserver címére küldjük, különben szélesebb körű érdeklődésre számot nem tartó levelünket valamennyi listatag megkapja.
Amellett, hogy a tagsági kéréseket kezelik, a legtöbb listserver havi log file-ban archiválja a levelezést. Ezek e-mail-en elérhetők. A parancsok, melyekkel a listserver archívumokból lekérhetjük a korábbi anyagokat és más információkat is szerezhetünk, megtalálhatók a listserver parancs útmutatóban (Thomas, 1993). Néhány fontosabb:
help hasznos általános információ lekérése review <lista név> lista tagok névsorának lekérése index <lista név> archivált file-ok listájának lekérése get listserv refcard parancsok rövid listájának lekérése get listfaq memo listserverekről FAQ-ok lekérése
Az `info` üzenet küldésével a listserver címére, egy információs útmutatót kapunk a válaszlevélben számos kulcsszóval. Az `info <kulcsszó>` üzenetre válaszképpen pedig megkapjuk a kulcsszó által meghatározott témakörről szóló összefoglalást.
A Usenet-hez kapcsoló átjárók következtében néhány listserver levelező lista egyben Usenet hírcsoport is, ilyen a fentebb megemlítettek közül a biotech@UMDD.umd.edu, amely a sci. bio.technology hírcsoport.
Ezek a levelező listák nem a listserv típusú parancsokkal fogadják el a fel- és kiiratkozást. A fontosabbak, amelyek számot tarthatnak a molekuláris biológusok érdeklődésére:
Ancient-DNA-L - feliratkozási információ: majordomo@coombs.anu.edu.au (lista cím: ancient-dna-L@coombs.anu.edu.au).
Arabidopsis thal. database announcements - feliratkozáshoz lépjünk kapcsolatba Mike Cherry-vel a curator@weeds.mgh.harvard.edu címen (lista cím: aatdb-info@weeds.mgh.harvard.edu)
Biological timing and circadian rhytms - feliratkozás: cbt-general@virginia.edu címen (lista cím: cbt-general-request@virginia.edu)
Genstat statistics package discussion - feliratkozáshoz küldjük a : `subscribe genstat <saját név>` üzenetet a listral@ib.rl.ac.uk címre (lista cím: genstat@ib.rl.ac.uk)
NPLC (Plant lipids) - feliratkozás az NPLC@genesys.cps.msu.edu címen. (lista cím: nplc@genesys.cps.msu.edu)
Peptide libraries - feliratkozáshoz segítséget a biosci-server@net.bio.net címre küldött `help` üzenettel kaphatunk (lista cím: pep-libs@net.bio.net)
Plant hormones discussion list - feliratkozás a mailbase@mailbase.ac.uk címen a `join plant-hormones <saját név>` üzenettel (lista cím: plant-hormones@mailbase.ac.uk)
Prion Infection Digest - feliratkozni a prion-request@acc.stolaf.edu címre küldött `SUB prion saját utónév saját vezetéknév` üzenettel lehet (lista cím: prion@acc.stolaf.edu)
Prion research digest - feliratkozáshoz és további információért küldjünk e-mail-t a prion-request@stolaf.edu címre (lista cím: prion@stolaf.edu)
RNA - feliratkozáshoz információért forduljunk a biosci-server@net.bio.net címre a `help` üzenettel (lista cím: rna@net.bio.net)
Yeast artificial chromosomes - feliratkozáshoz információért forduljunk a biosci-server@net.bio.net címre a `help` üzenettel (lista cím: yac@net.bio.net)
Az egyes levelező listákról (rövid leírással) a news.answers csoportban találunk FAQ-ot (da Silva, 1993), ugyanez az anyag megtalálható a FAQ archívumokban is, a /mailing lists/ könyvtárban.
Egy igen hosszú (1.2 MB) levelező lista felsorolás érhető el anonymous ftp-vel az ftp.nisc.sri.com címen a netinfo/interest-groups vagy tömörített formában a netinfo/interest-groups.Z alatt vagy lekérhető e-mailen a mail-server@nisc.sri.com címen a `send netinfo/interest-groups` üzenettel. Egy nyomtatott verzió, az `Internet: Mailing Lists` címmel (Prentice Hall kiadó) is hozzáférhető, de ez a gyors változások következtében nem teljes.
3. Elektronikus hírújságok (newsletters)
A fenti levelező listák nagy része valójában a felhasználók kérdéseinek és megjegyzéseinek összefoglalóját tartalmazza egy tömörített nagy dokumentáció formájában, amelyet időszakosan közzétesznek. Egy ehhez hasonló változat az elektronikus hírleveleké.
Michael Strangelove (441495@acadvm1.UOTTAWA.ca) összegyűjtött egy könyvtárat az elektronikus kiadványaikról. Ez elérhető a listserv@acadvm1.UOTTAWA.ca címre küldött
get ejournl1 directoryüzenettel. A hírújságok többsége természetesen nem molekuláris biológusok számára készül, de pl. az egyes fajokkal foglalkozó újságok cikkei között találhatunk az érdeklődési körünkbe esőt is. Ilyenek közé tartozik az alábbi néhány példaként kiemelt is:
get ejournl2 directory
Bean Bag: Leguminosae Research Newsletter. Kiadók: Charles R. Gunn és Joseph H. Kirkbride, Jr., (jkirkbride@asrr.arsusda.gov). Elérhető gopheren és anonymous ftp-vel a huh.harvard.edu címen.
Drosophyla Informaion Newsletter. A Drosophyla Information Service kiadása. E-mail-en a listserv@iubvm.ucs.indiana.edu címen a `SUB DIS saját utónév saját vezetéknév` szöveggel lehet feliratkozni.
The Chlamidomonas Newsletter. E-mail feliratkozás lehetséges Mike Adamsnál az adams@ecsuc.ctstateu.edu címen, gopher elérhetőség a gopher.duke.edu, valamint anonymous ftp elérhetőség az acpub.duke.edu címről.
STARNET Echinoderm Newsletter. A kiadó, Win Hide elérhető e-mailen a whide@matrix.bchs.uh.edu címen.
4. Biológiai információk archívumai
Az Interneten szabadon elérhető óriási felhalmozott információt tartalmazó biológiai archívumokat, adatbázisokat, szolgáltatásokat többen elkezdték jól szervezett menü formájában gopher szerverekkel elérhetővé tenni. Ezek közé tartozik Don Gilbert IUBio szolgáltatása (ftp.bio.indiana.edu) és Mike Cherry gyűjteménye (weeds.mgh.harvard.udu) az Egyesült Államokban, Rob Harper `Finnish EMBnet BioBox`-a Finnországban (gopher.csc.fi) és Reinhard Doelz `Information servers in biology (gopher based)`-je Svájcban (gopher.embnet.unibas.ch).
Reinhard Doelz `Biocomputing Survival Guide`-ja (Doelz, 1993) tartalmazza az alapvető Unix és VMS parancsokat és a GCG szoftver leírását.
Számos molekuláris biológiai archívum és hozzáférésük módja megtalálható a fejezet végén.
Sok Internet archívum rendelkezik kereshető, absztraktokkal kiegészített bibliografikus adatbázissal. Ezek közül mindössze néhány kerül itt megemlítésre.
A Drosophyla kutatás témakörében megjelent 52000 publikáció bibliográfiája, az idei évtől 1684-ig visszamenőleg áll rendelkezésre (ftp.bio.indiana.edu). A gopher.genethon.fr címen szekvencia analízissel és a humán genom projecttel kapcsolatos bibliográfiák találhatók. Többek között az alábbi folyóiratok tartalomjegyzékeiben kereshetünk még a megjelenés időpontja előtt ftp-vel (net.bio.net címen a pub/BIOSCI/BIO-JOURNALS könyvtárban), valamint gopher-rel (net.bio.net, port 70), ezen kívül elérhető a bionet.journals.contents hírcsoportban:
Applied Microbiology and Biotechnology
Applied and Environmental Microbiology
Biotechniques
CABIOS
Cell and Tissue Research
Chromosoma
Current Genetics
EMBO Journal
European Journal of Biochemistry
Histochemistry
Human Genetics
IEEE Engineering in Medicine and Biology
Immunogenetics
Journal of Bacteriology
Journal of Biological Chemistry
The Journal of Membrane Biology
Journal of Molecular Evolution
Journal of Virology
MGG - Molecular and General Genetics
Mammaliam Genome
Molecular Microbiology
Molecular and Cellular Biology
Nucleic Acids Research
Photosyntethica
Plant Cell Reports
Planta
Protein Science
Semenars in Cancer Biology
Seminars in Cell Biology
Seminars in Developmental Biology
Seminars in Immunology
Seminars in Neurosciences
Seminars in Virology
Theoretical and Applied Genetics
A következő kiadók Interneten hozzáférhetővé
teszik kiadványaikat:
Kiadó: Cím: Hozzáférés: Addison-Wesley word.std.com ftp O`Reilly & Associates gopher.ora.com gopher Kluwer Academic word.std.com ftp Publishers
A számítógépes hálózaton elérhető molekuláris biológiai adatbázisok száma mára jóval meghaladja a százat, a bennük fellelhető adatmennyiség pedig óriási. Ezek olyan témakörökkel foglalkoznak, mint például a különböző fajok genom adatbankjai, fehérjék és nukleinsavak szekvenciái és szekvencia összehasonlításra alkalmas adatbázisok, stb. Igen sok olyan új is található közöttük, amelyről már kaphatunk információt, de feltöltésük még folyamatban van és lekérdezhetőségük a közeljövőben várható. Működőképességük nagyrészt magukon a kutatókon múlik, hogy adataikat mennyire teszik mások számára hozzáférhetővé. Az adatbázisok többsége WAIS-szel vagy gopherrel kereshető néhány nagyobb, jól szervezett adatbázis interaktív vagy kötegelt (batch) kereséseket is lehetővé tesz.
Egyik nehéz kérdés, hogy hogyan találjuk meg a kérdéses adatbázist (a néhány, mindenki által jól ismerten kívül), amelyre szükségünk van. Ebben kívánunk segítséget nyújtani az alábbiakban. A molekuláris biológiai adatbázisok talán legátfogóbb listáját (kb. 120 adatbázis) és azok ismertetését tartalmazza a LiMB adatbázis (Listing of Molecular Biology databases, Keen et al., 1992). Megadja a legfontosabb információkat, az üzemeltetők postai és e-mail címét, telefonszámát is. A legújabb verzió lekérhető e-mailen a bioserve@life.lanl.gov címen. Az üzenetbe a `limb-data`, amennyiben csak információt kérünk a `limb-info`, szöveget gépeljük. A `limb-data` üzenetre válaszul egy több file-ba tördelt terjedelmes dokumentációt kapunk, amelyben kedvünkre keresgélhetünk. A LiMB floppy lemezen is megszerezhető, érdeklődjünk a megadott címen.
A John Hopkins Genetic Databases gopher-rel elérhető (merlot.welch.jhu.edu), benne körülbelül 20 genetikai, molekuláris biológiai és orvosbiológiai adatbázishoz férhetünk hozzá (többek között GenBank, PIR, EPD, TFD).
A Biotechnet Electronic Buyer`s Guide öt adatbázisában (Molecular Bology, Electrophoresis, Chromatography, Liquid Handling és Instruments & Apparatus) termékek neve és alkalmazásuk, az előállítók neve és címe után kereshetünk.
A BOING (Bio Oriented Internet Gophers) bio-gopherek területén nyújt keresési lehetőséget (gopher.gdb.org:3005/7) főleg egészségügyi szakterületen, orvosi kutatásban dolgozók számára.
Többek között számos molekuláris biológiai adatbázist, valamint a NIH szabadon hozzáférhető adatait (katalógusok, ösztöndíjak, egyebek), AIDS-szel és rákkal kapcsolatos információkat érhetünk el a National Institutes of Health Gopher segítségével (gopher.nih.gov és odie.niaid.nih.gov).
Természetesen érdeklődhetünk a szakmabeliektől is a különféle hírcsoportokban és levelezési listákon, valószínűleg kapunk segítséget. A bionet.software.acedb és a news.answers csoportokban is megtalálható az `ACEDB Genome Database Software FAQ`, amely felsorol legalább 30 genom adatbázist (nagy részüket a LiMB nem tartalmazza), amelyek az ACEDB adatbázis szoftvert alkalmazzák. (Az ACEDB rövidítés eredendően az `A Caenorrhabditis elegans Database`-re utalt).
Sok Usenet FAQ és ebben a füzetben szereplő hálózati irodalom ad még, bár nem teljes és nem csak molekuláris biológusokat érintő adatbázis információkat. Az itt következő rövid lista (Una Smith, 1993 alapján) nem törekszik átfogó képet nyújtani, csupán a nagyobb, sokakat érdeklő adatbázisokat említi és azok üzemeltetőinek e-mail címét. Kérdéseinkkel, adatküldéssel és korrekciókkal kapcsolatban fordulhatunk e megadott címekhez. (A fejezet végi Archívumok Listája is tartalmaz több címet.)
Adatbázis: Üzemeltető címe: AAtDB (Arabidopsis thaliana) curator@weeds.mgh.harvard.edu ACEDB (Caenorhabditis elegans) rd@mrc-lmba.cam.ac.uk EMBL problems, feedback nethelp@emblheidelberg.de software submissions queries software@embl-heidelberg.de Data Library enquires datalib@embl-heidelberg.de Data Library submissions datasubs@embl-heidelberg.de FlyBase (Drosophila) flybase@morgan.harvard.edu GDB help@gdb.org GenBank enquires info@ncbi.nlm.nih.gov data submissions gb-sub@ncbi.nlm.nih.gov updates,publication notices update@ncbi.nlm.nih.gov Entrez questions entrez@ncbi.nlm.nih.gov BLAST Email server blast@ncbi.nlm.nih.gov Retrieve Email Server retrieve@ncbi.nlm.nih.gov EST reports Email server est_report@ncbi.nlm.nih.gov MSDN (Microbial Strains Data Net) msdn@bdt.ftpt.br és msdn@phx.cam.ac.uk NCBI repository@ncbi.nlm.nih.gov PIR fileserv@nbrf.georgetown.edu SWISS-PROT bairoch@cmu.unige.ch
Search Engines (`kereső gépek`):
Help file-t bármely megadott Genbank e-mail szervertől kérhetünk a `help` üzenettel.
Az EMBL többféle e-mail keresést tesz lehetővé a használók számára, további információért a `help` üzenettel fordulhatunk az alábbi helyekre:
EMBL File Server NetServ@EMBL-Heidelberg.DE FASTA FASTA@EMBL-Heidelberg.DE Quicksearch Quick@EMBL-Heidelberg.DE Swiss-Prot MPsrch Blitz@EMBL-Heidelberg.DE
A BLOCKS adatbázis e-mailen kereshető, help file-t a blocks@howard.fhcrc.org címről üres üzenettel, `help` szöveggel a subject sorban kérhetünk.
A GenMark szekvencia keresővel kapcsolatban `instructions` üzenettel fordulhatunk a genmark@ford.gatech.edu címhez vagy kapcsolatba léphetünk M. Borodowsky-val (mb56@prism.gatech.edu) vagy J. McIninch-hel (gt1619a@prism.gatech.edu).
A Sequence Retrival System (SRS) program VAX VMS számítógépekre elérhető ftp-vel a biomed.uio.no EMBnet (Norvégia) csomóponton.
További irodalom: Henikoff (1993).
4.3. Katalógusok (directories)
Tudományos kutatók (közöttük genom kutatók) neve, címe és érdeklődési kör szerint kereshetünk gopher-rel a gopher.gdb.org címen az NIH, NSF, Department of Agriculture (USDA), valamint más minisztériumok által támogatott projectek és kutatók körén belül.
Körülbelül 2000 bionet.* hírcsoport felhasználó könyvtára férhető hozzá gopherrel és anonymous ftp-vel a net.bio.net-en és saját adatainkat is hozzáadhatjuk gopherrel vagy e-mailen. A molekuláris biológián belül mesterséges intelligenciával foglalkozók könyvtárát a National Library of Medicine tartja fönn, feliratkozni e-mailen Larry Hunternél a hunter@work.nlm.nih.gov címen lehet.
A számítógépes hálózatokon elérhető szoftverek nagy része ingyenesen lekérhető, míg másik részük úgynevezett shareware kategóriába esik, ahol a szoftver elérése után fizetni kell. Számos biológiai orientáltságú szoftver archívum érhető el gopherrel vagy anonymous ftp-vel. Ezek közül néhány megtalálható az Archívumok listája felsorolásában. Az IUBio archívum (ftp.bio.indiana.edu) valószínűleg a legjobb gyűjtemény Észak-Amerikában. A növénytannal foglalkozók rendelkezésére áll a TAXACOM archívum (huh.harvard.edu). A National Center for Supercomputing Applications kiemelkedő szoftver gyűjteménnyel rendelkezik elektronikus kommunikáció és képfeldolgozás területén, amelyek hozzáférhetők a zaphod.ncsa.uiuc.edu címen. Jahn-Peter Frahm `A Guide to Botanical Software for MS-Dos Computers` munkája e-mailen elérhető nála a hh216fr@duc220.uni-duisburg.de címen.
Az Archive of Biology Software and Data archívum fő profilja a molekuláris biológia; Macintosh, MS-DOS, VAX-VMS és UNIX számára egyaránt tartalmaz szoftvereket. Az Archive.doc file tartalmaz olyan fontos információkat az archívum használatáról, amelyet érdemes először elolvasni. Az archívum elérhető ftp-vel (ftp.bio.indiana.edu).
Az egyik legjobb lehetőség a molekuláris biológiában alkalmazott szoftverek után érdeklődni a bionet.software hírcsoporton, de az egyes szakterületek hírcsoportjaiban is kaphatunk információt a szakmabeliektől. A jól ismert, hatalmas anonymous ftp-vel elérhető szoftver gyűjtemények felsorolásai számos, az Interneten is hozzáférhető publikációban megtalálhatók (Kehoe, 1992; Krol, 1992; Lane and Summerhill, 1992; LaQuey and Ryer, 1992; Tennant et al., 1993).
Az alábbi bejelentkezési helyeken a külső felhasználóknak is biztosítanak hozzáférést. A hozzáférés módja:
E - e-mail keresés
f - anonymous ftp
g - gopher szerver
G - gopher szerver plussz WAIS index keresés
t - telnet hozzáférés
T - telnet hozzáférés plussz e-mail válasz
a keresés eredményéről
W - WAIS szerver plusz WAIS index keresés
Internet csomópont neve: Téma/szervezet: Hozzáférés: ftp.bio.indiana.edu IUBIO Genbank Flybase f G ftp.embl-heidelberg.de EMBL Data Library E f G coli.polytechnique.fr EMBLnet Mol. Evolution G ftp.bchs.uh.edu Genbank PIR f G helix.nih.gov Genbank PDBPIR stb. G finsun.csc.fi Prosite Rebase-enzyme G pdb.pdb.bnl.gov Protein Data Bank G ftp.tigr.org Inst. for Genomic Rsch f megasun.bch.umontreal.ca Molecular evolution G nic.switch.ch EMBnet G W rdp.life.uiuc.edu Ribosomal DB project f s2w007.pswfs.gov Forest Genetics G biomed.iuo.no Genome data T biox.embnet.unibas.ch Genome data G gopher.gdb.org GDB Genome Data Bank G weeds.mgh.harvard.edu Arabidopsis C. elegans G mendel.agron.iastate.edu Soy genome G greengenes.cit.cornell.edu Triticeae genome G teosinte.agron.missouri.edu Maize genome G gopher.duke.edu Chlamydomonas G E1 poplar1.cfr.washington.edu Populus genetics f life.anu.edu.au Bioinformatics f G kiawe.soest.hawaii.edu Genetic Mapping Tools f rtfm.mit.edu Usenet FAQ repository f ksuvxa.kent.edu Directory of lists f
Megjegyzés: 1: chlamy@acpub.duke.edu
Napjainkban az Internet egyik leglátványosabb szolgáltatása a World Wide Web rendkívül gyorsan növekszik (az utóbbi évben több ezerszeresére nőtt!). Bár e növekedés abból a szempontból részben csak látszólagos, hogy az eddig is elérhető információ ezentúl a Weben át is elérhetők, de a WWW nyújtotta kényelmen és látványosságon túl megjelentek speciális új, csak a Weben át elérhető lehetőségek. Mindenesetre a WWW gyors változása miatt itt nem akarjuk annak lehetőségeit tárgyalni, hanem javasoljuk, hogy mindenki maga induljon rajta felfedezőútra, ebben a különféle WWW navigátorok kellő segítséget nyújtanak, s indításként néhány címet is adunk:
Molekuláris biológiai linkeket tartalmazó homepage-ek:
http://life.anu.edu.au/molbio.html6. Az EMBnet
http://hri.ucfs.edu/internet/mol_bio.html
http://www.genome.ad.jp/other_servers/
http://molbio.umn.edu/bionetwork.html
http://golgi.harward.edu/sequences.html ugyanitt /biopages/*
Az EMBnet létrehozását 1988-ban kezdeményezte az European Molecular Biology Laboratories (EMBL) azzal a céllal, hogy a molekuláris biológiai kutatásokhoz számítógépes rendszereket és bioinformatikát használó európai laboratóriumokat hálózati úton összekapcsolják. 1991-ben az EMBnet a BRIDGE program keretén belül kapott források felhasználásával tovább tudta bővíteni hozzáférhetőségét és oktató és tudományos kutatásban betöltött szerepét. A hálózat információt közvetít az európai laboratóriumok egyedi felhasználói és a heidelbergi EMBL Adatbázis között. Ezen túlmenően, minthogy a bioinformatika fiatal tudomány és a művelői számára elengedhetetlen a továbbképzés és a felhasználók által igényelt specifikus hardver és szoftver nem biztosítható gazdaságosan valamennyi helyszínen az adott országokon belül, az EMBnet gyorsan kifejlesztett olyan Európát behálózó nemzeti és specializált csomópontokat (jelenleg 22), amelyek az angol nemzetközi kommunikációs nyelv segítségével megoldják ezeket a helyileg felmerülő problémákat. Specializált központok közé tartozik a CEPH/Genethon Párizsban, a HGMP Resource Center Harrowban, az ICGEB Trieste, a Martinsried of Protein Sequences (MIPS) és az ipari kapcsolódási pont, a Hoffmann-La Roche Bázelban.
Az EMBnet alapvető feladata, hogy a naprakész nukleinsav és protein adatbázisok adatait hozzáférhetővé tegye a nemzeti felhasználók számára, valamint az új adatokat továbbítsa vissza a heidelbergi központba. A szekvencia adatbázisokon kívül az EMBnet szoros együttműködést folytat számos bioinformatikát használó programmal, mint amilyen a Humán Genom Program, Saccharomyces, Drosophyla és Arabidopsis genom térképező programok. Mivel egyre nagyobb a felhasználói igény a gyorsan elérhető adatokhoz és számítógépes hálózati szolgáltatásokra, az EMBnet bioinformatikai szolgáltatásai is egyre bővülnek (pl. molekula modellezés, oktató kurzusok speciális HELP szolgáltatások).
Az eddig létrehozott nemzeti csomópontok a következők:
BioBase - Ole Worms alle, Building 170 Aarthus Universitet, DK-8000 Aarthus C, Denmark
IP cím: 129.142.18.100 IP név: biobase.aau.dk
EMBL (European Molecular Biology Laboratory) - Meyerhofstrasse 1, Postfach 10 22 09, 6900 Heidelberg, Germany
IP cím: 192.54.41.22, 192.54.41.21 IP név: embl-heidelberg.de
CSC (Centre for Scientific Computing) - P.O. Box 405, FIN 02101 Espoo, Finland
IP cím: 128.214.46.5 IP név: convex.csc.fi
BISANCE - Laboratory de Biochimie, Ecole Politechnique, 91128 Palaiseau Cedex, France
IP cím: 192.70.98.3 IP név: arthur.citi2.fr
GENETHON - 1 rue de l`Internationale, BP60 Evry Cedex, France
IP cím: 192.79.45.2 IP név: exogene.genethon.fr
German EMBnet node- GENIUSnet, Department of Molecular Biophysics, German Cancer Research Centre (DKFZ), Im Neuenheimer Feld 280, D- 6900 Heidelberg, Germany
IP cím: 192.54.49.66, 192.54.49.34 IP név: genius.embnet.dkfz-heidelberg.de
GreekEMBnet Node - Institute of Molecular Biology and Biotechnology (IMBB), Foundation for Research and Technology Hellas, PO Box 1527, Heraklion 711 10, Greece
IP cím: 147.52.64.3 IP név: nefelh.imbb.forth.gr
The HGMP Resource Centre, Clinical Research Centre, Watford Road, Harrow, Middlesex, HA1 3UJ, United Kingdom
IP cím: 192.69.153.50 IP név: menu.crc.ac.uk
ICGEB (International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology) - Padriciano 99, I-34012 Trieste, Italy
IP cím: 140.105.9.1 IP név: genes.icgeb.trieste.it
Weizmann Institute of Sciences, Biological Services, Bilogical Comouting Division, Rehovot 76 100, Israel
IP cím: 132.76.64.25 IP név: dapsas1.weizmann.ac.il
CNR Area di Ricerca di Bari - Via Amendola 166/5, I-70125 Bari, Italy
IP cím: 138.66.1.11 IP név: mvx36.csata.it
Max-Planck-Institute für Biochemie (MIPS) - Am Klpferspitz, 81243 Martinsried, Germany
IP cím: 141.61.66.2 IP név: EHPMIC.MIPS.BIOCHEM.MPG.DE
CAOS/CAMM Center - University of Nijmegen, Toernooiveld, 6525 ED Nijmegen, The Netherlands
IP cím: 131.174.82.227 IP név: caos1.caos.kun.nl
Norvegian EMBnet Node - Biotechnology Center of Oslo, Gaustadalleen 21, N-0371 Oslo, Norway
IP cím: 129.240.2.38 IP név: biomed.uio.no
Hoffmann-La Roche - CH 4002 Basel, Switzerland
Centro Nacional de Biotechnología (CSIC) - Universidad Autónoma de Madrid, 28049 Madrid, Spain
IP cím: 150.244.12.13 IP név: cnbvx3.cnb.uam.es
Computing Department, Biomedical Centre, BOX 570, S-751 23 Uppsala, Sweden
IP cím: 130.238.39.6, 130.238.38.254 IP név: bio.embnet.se, perrier.embnet.se
Biocomputing, Biocentrum der Universitat Basel, Klingelbergstrasse 70, CH-4056 Basel, Switzerland
IP cím: 131.152.8.1, 131.152.8.2, 131.152.8.3 IP név: bioftp.unibas.ch, gopher.embnet.unibas.ch, beta.embnet.unibas.ch, biox.unibas.ch
SEQUNET - SERC Daresbury Laboratory, Daresbury, Warrington WA4 4AD, United Kingdom
IP cím: 148.79.64.2 IP név: s-crim1.dl.ac.uk
Bio Computing Center - University of Vienna, Dr.Bohr-Gasse 9, A-1030 Vienna, Austria
IP cím: 131.130.83.3 IP név: embdec.bcc.univie.ac.at
Belgian EMBnet Node (BEN) - ULB/VUB Computing Center, C.P. 300, 50 Av. Franklin Roosevelt, 1050 Brussels, Belgium
IP cím: 134.184.15.1 IP név: rc1.vub.ace.be
Instituto Gulbenkian de Ciencia - Apartado 14, 2781 Oeiras Codex, Portugal
Agricultural Biotechnology Center - Szent-Györgyi A u. 4, 2100 Gödöllő, Hungary
IP cím: 192.146.135.1 IP név: abc.hu
(látsd még az 5.1. alfejezetet)
Az EMBnet szolgáltatásai:
A nemzeti csomópontok rendszerint az Interneten vagy X.25 vonalakon érhetők el a hálózatokon. A nemzeti csomópontok általában a következő szolgáltatásokat nyújtják a felhasználók részére:
1. A naponta kiegészített és pontosan archivált az EMBL-től kapott DNS szekvencia adatbázis, amelyet a negyedévente kapott lemezekről vagy CD-ROM-okról töltenek fel.
2. A naponta kapott új DNS szekvencia adatokat az arra igényt tartó további nemzeti központokba továbbítják.
3. Login szolgáltatást biztosítanak a nemzeti csomópont infrastruktúráját és bioinformatikai szolgáltatásait igénybe venni kívánó kutatók számára.
Az EMBnet ezen felül levelezési listát működtet az EMBnet csomópontok személyzetei közötti koordináció segítése céljából.
Az alábbi szolgáltatások érhetők el továbbá az EMBnet hálózaton:
1. ARCHIE és WAIS szerver (CSC Helsinki);
2. FTP szerverek számos csomóponton;
3. GOPHER és WWW szerverek számos csomóponton;
4. Levelező (mail) szerver az EMBL heidelbergi központjában, amely adatbázissal kapcsolatos kérdésekkel foglalkozik, összehasonlítási kereséseket végez, valamint adatbázis és szoftver lehívásokat nyújt.
EMBnet projectek:
1. Usenet News-on alapuló konferenciák: A meglevők (lásd korábban) mellett további EMBnet hírcsoportokat kívánnak létrehozni, ahol egy adott tudományos téma határozott időtartamú megvitatását követően egy összefoglaló dokumentumot helyeznének el az EMBnet archívumában, amely a továbbiakban bármikor hozzáférhető lenne a biológusok számára.
2. Gopher szerveren alapuló információ elérési rendszer továbbfejlesztése (University of Minnesota): Az EMBnet a biológusok számára fontos információk elérését kívánja ezúton megkönnyíteni.
3. A DNS adatbázisok feltöltésének és szinkronizálásának módját kívánják továbbfejleszteni.
4. Új eszközök fejlesztése adatbázis keresésekhez, információcseréhez: Jelenleg a szekvencia homológia keresésével kapcsolatos feladatokat mail szerver segítségével látja el az EMBnet, ehelyett interaktív kereséseket kívánnak létrehozni.
5. Oktató kurzusok szervezése: Az új technológiák és adatbázisok elősegítése érdekében különböző témájú kurzusokat szeretnének indítani különböző szintű közönség részére.
6.1. A magyar EMBNET csomópont
A Gödöllői Mezőgazdasági Biotechnológiai Kutatóközpont (MBK, angol rövidítéssel ABC) üzemelteti a magyar EMBNET csomópontot. Itt mind Interneten (hubi.abc.hu ill. 192.146.135.1), mind X.25-ön keresztül használhatjuk a népszerű GCG szabadszoftvert, melyel az alábbi DNS és protein adatbázisokon dolgozhatunk:
GenBank, EMBL, PIR, Swiss-prot, PROSITE (s még két kisebb abatbázis).
Az adatbázisokat negyedévenként frissítik.
További információ az ABC Gopherén kapható (gopher hubi.abc.hu).
7. Ajánlott és felhasznált irodalom
Barr, D. and Horton, M. (1993) Rules for posting to Usenet. Usenet news.announce.newusers. FAQ archive filename posting-rules-part/1.
Brader, M. and Schwarz, J. (1993) Answers to Frequently Asked Questions about Usenet. Usenet news.announce.newusers. FAQ archive filename usenet- faq/part1.
BIOSCI/bionet Frequently Asked Questions (FAQ). Last revised: 28. Jun. 1994. Usenet bionet.announce. FTP, gopher: net.bio.net (port 70).
Crepin-Leblond, O.M.J. (1993) FAQ: International E-mail accessibility. Usenet comp.mail.misc. FAQ archive: mail/country-codes.
Doelz, R. (1994) European Molecular Biology network.Biozentrum, Bazel.
Granrose, J., Jones, M. and Czarnik, T. (1993a) Anonymous FTP List - FAQ. Usenet comp.misc. FAQ archive: ftp-list/faq.
Granrose, J., Jones, M. and Czarnik, T. (1993b) Anonymous FTP List - Sites. Usenet comp.misc. FAQ archive: ftp-list/sites(1-3).
Garavelli, J. (1992) Announcements of the Protein Information Repository. Usenet bionet.molbio.proteins, December.
Henikoff, S. (1993) Sequence analysis by electronic mail server. Trends in Biochemical Sciences, 18(7): 267-268.
Kamens, J.I. (1993a) FAQ: How to find peoples E-mail addresses. Usenet comp.mail.misc. FAQ archive filename finding-sources.
Kamens, J.I. (1993b) How to find sources (read this before posting). Usenet comp.mail.misc. FAQ archive filename finding-sources.
Keen, G., Redgrave, G., Lawton, J., Cinkovsky, M., Mishra, S., Fickett, J. and Burks, C. (1992) Access to molecular biology databases. Mathematical Comput Modelling, 16: 93-101.
Lamb, D. (1993) FAQ: College E-mail Addresses. Usenet soc.college. FAQ archive filename college-email/part(1-3).
Lawrence, D.C. (1993) List of Active Newsgroups. Usenet news.answers. FAQ archive: active-newsgroups/part(1-2).
Lawrence, D.C., McIntosh, J. and Spafford, G. (1993) Mailing Lists Available in Usenet. Usenet news.answers. FAQ archive: mail/news-gateways/part1.
Maxwell, C. and Grycz, C.J. (1994) The New Rider`s Official Internet Yellow Pages. New Riders Publishing, USA.
Reid, B. (1993) Usenet Readership Summary Report for October 1993. Usenet news.lists.
Ritter, O. (1994) The Integrated Genomic Database. In: Computational Methods in Genome Research, edited by S. Suhsi, Plenum, 57-73.
Ritter, O., Kocab, P., Senger, M., Wolf, D. and Suhai, S. (1994) Prototype Implementation of the Integrated Genomic Database. Computers and Biomedical Research, 27: 97-115.
Sherman, B.K. (1994) ACEDB Genome Database Software FAQ. Usenet bionet.software.acedb. Arcive filename acedb-faq.
ftp:
//rtfm.mit.edu/pub/usenet/news.answers/acedb-faq
http:
//probe.nalusda.gov:8000/acedocs/acedbfaq.html
da Silva, S., Von Rospach, C. and Spafford, G. (1993) Publicly Accessible Mailing Lists. Usenet news.lists. FAQ archive: news.lists(1-6).
Smith, U. (1993) A Biologist`s Guide to Internet Resources. Usenet sci.answers. Archive filename biology/guide/part1.
Spafford, G. and Salzenberg, C. (1992) What is Usenet? Usenet news.announce.newusers. FAQ archive filename what-is-usenet/part1.
The BIOSCI Electronic Newsgroup Network Information Sheet. (Last revised: 22. Nov. 1994) Usenet bionet.announce. E-mail-en lekérhető a biosci@daresbury.ac.uk címen.
Yanoff, S. (1993) Updated Internet Services List. Usenet alt.internet.services. Available from rtfm.mit.edu FAQ archive as filename internet-services.