Már I. Ferencz uralkodásának utolsó éveiben nagy nehézségekkel kellett Ramusnak megküzdenie, hogy gondolatait szabadon nyilváníthassa: az egyetem is, a parlament is pörbe fogta, s 1546-ban eltiltották a philosophia tanításától. Ez a tilalom, később visszavonatott, de csak addig, míg Ramus a római egyház kötelékében maradt. Az 1561-ik évtől fogva, mikor a hugonottákhoz pártolt, végnélküli zaklatásokban volt része. Ekkor már teljes erővel dühöngött a vallásháború,* mely két ellenséges táborra osztotta a nemzet legjobbjait. Az egyház egységét féltő Guisek és párthíveik szentül hitték, hogy karddal és máglyával, börtönnel és bitófával lehet uralkodni a lelkeken, holott a népek történetéből megtanulhatták volna, hogy a lelki javakért ontott vér termékenyíti meg legjobban a vallási forradalmak talaját. A Bertalan-éj szörnyűségei, melyekhez tartozott Ramus meggyilkolása is, csak még erősebb ellenállásra bírták a vérfürdőből kimenekedett hugonottákat. Mindezek az események, melyek nagyobbára a század közepén és második felében zajlottak le, s az országot a szakadatlan visszavonások, hitszegések, rombolások, vérengzések színhelyévé tették, a philologiai tudományoknak és a szépirodalomnak távoleső berkeit kevéssé érinthették (a Pléïade tagjai a század második felében teremtik meg a franczia irodalom új korszakát), de annál súlyosabban nehezedtek a vallás ügyével oly szoros kapcsolatban levő iskolai intézményekre. A humanisztikus mozgalom hatása alatt keletkezett vagy újjászervezett kollégiumok, talán az egyetlen Collège du Guyenne* kivételével, (Bordeaux-ban) elhanyatlottak. A vallási ellentétek mindjobban kiélesedtek. Lehetetlenné vált immár a köznevelésnek egységes szellemben való alakulása. Francziaországban is (miként Németországban) megszületik a felekezeti oktatásnak az a neme, mely útjaiban kizárólagos és eszközeiben harczias, mely egyfelől csakis katholikus, másfelől csakis protestáns szellemtől ihletett és színezett műveltséget tart értékesnek. A humanizmus öröke ennek a kizárólagos nevelésnek a szolgálatába lép: a jezsuitáknál épp úgy, mint a hugonották iskoláinak kisded csoportjában.