Az országba betörő ellenség megállítására Batthyány, mint ügyvezető miniszterelnök, hatalmas szervező munkába fogott. Elrendelte a honvédtoborzást, majd a népfelkelést, először a dunántúli, majd a Duna-Tisza közi megyékben. Szabályozta az újoncozást: minden 127 lélek után 2 főt kellett kiállítani. A veszélyeztetett helyekre honvédőrséget rendelt, kimozdította gyülekezőhelyükről az önkéntes mozgó nemzetőrség táborait. Kossuth javaslatára az országgyűlés hattagú választmányt jelölt ki a miniszterelnök támogatására (Kossuth, Nyáry Pál*, Madarász László*, Pálffy János*, Patay József* és Sembery Imre*). Batthyány tervezett új kormánylistáját nem erősítették meg Bécsben, sőt az országot elhagyó nádor szeptember 25-én már arról értesíti az ügyvezető miniszterelnököt, hogy az uralkodó Vay Miklós* bárót kívánja megbízni az új minisztérium megalakításával. Az udvarban úgy gondolták, hogy az ország ellenállása Jellačić* karhatalmi akciójára megtörik. A jogos önvédelem szervezése azonban tovább folyt. Számos képviselő vállalt egy-egy területen toborzási és katonaállítási kormánybiztosságot. A képviselőház szeptember 24-i ülésén Kossuth is bejelentette, hogy miniszterelnöki megbízással toborzó körútra indul. (Ellenfelei ezeket az utakat a közeledő Jellačić* előli menekülésnek állították be, pedig, mint láthattuk, az ilyen megbízatások akkor természetesnek és szükségesnek számítottak.) A Kossuth Hírlapja továbbra is közölte Kossuth nagy cikkeit: szeptember 19-én a király távollétének következményeiről és a fegyveres önvédelmi harcról; szeptember 20-án Štúr* és Hurban* felvidéki betöréséről (a jobbára cseh és morva diákokból álló kis különítmény nem talált kellő támogatásra a felvidéki szlovák lakosság körében); szeptember 21-én a népfelkelés fontosságáról; szeptember 22-én pedig a külföldön szolgáló magyar katonaság hazahívásáról. Ez az utóbbi írás kiáltvány formájában külön is megjelent. A szeptember végi napok megmutatták, hogy Kossuth magával tudja ragadni mind az országgyűlést, mind a népet, sőt szervezni is képes őket. Ő lett tehát a ránk kényszerített önvédelmi háború természetes és elismert vezetője. Szeptember 24-i felszólalását a Közlöny 1848. szeptember 26-i száma alapján közöljük.