Herman Ottó (1835–1914) munkásságát tudós- és politikustevékenységének összhangja jellemezte. A magyarság nemzeti és társadalmi felemelkedését s ezáltal az egyetemes emberi fejlődés szolgálatát legfőbb életcéljának tekintve gyakran hangsúlyozta, hogy szemében a tudósi és a politikusi feladatkör egymástól elválaszthatatlan.
Sokirányú működését a Kolozsvárott 1864–1872 között eltöltött években kezdte. Itt publikálta első tudományos dolgozatát, első hírlapi cikkét, s itt került sor első nyilvános politikai jellegű fellépésére is. Rövid idő alatt Budapest után az ország legjelentősebb kultúrcentrumának ismert közéleti szereplőjévé vált. Jelentős részt vállalt az Erdélyi Múzeum Egylet szakmai és közművelődési programjának kialakításában és végrehajtásában, állandó vendége volt a Mikó Imre, illetve a Sámi László körül tömörülő két, politikai jellegű társaságnak. Munkatársa lett az erdélyi balközép lapjának, a Magyar Polgárnak, amelyben 1871-től többek között a párizsi kommünnel szolidaritást vállaló írásai, a magyar kormány nemzetiségi politikáját élesen bíráló cikkei jelentek meg.
A legnagyobb s egyben legmaradandóbb hatást igazgatója, Brassai Sámuelx gyakorolta rá. Az országszerte elismert és népszerű tudós puritán egyénisége erkölcsi szilárdsága, a nemzeti ügy melletti elkötelezettsége, a közművelődés fontosságát hangsúlyozó felfogása meghatározta Herman pályájának irányát, s életművének vezérmotívumaivá vált.
Első jelentősebb tudományos írása 1865-ben jelent meg Falco subbuteo Linnéx címmel. Ez a kába sólyomról készített értekezés már tartalmazta azokat az alapgondolatokat, amelyek a későbbiekben természettudományos szemléletét, módszertanát és ismeretelméleti eszmefuttatásait meghatározzák. Linné örökségére támaszkodva s a haladó brehmi felfogást magáévá téve, a madarak rendszerezésében központi jelentőséget tulajdonít az életmód, mindenekelőtt a táplálkozás beható vizsgálatának; és elutasítja azt az irányzatot, amely szerinte a német ornitológusokat általában jellemzi – hogy a maghatározásban a külső jegyeket kiindulásnak tekintse. Először fogalmazza meg a hasznos, praktikus tudományról vallott nézeteit. A hasznos és a káros madarak megkülönböztetésében jelölve meg az ornitológiának ama feladatát, amely megóvja művelőit a „haszontalan időtöltés” veszélyétől.
Kolozsvár elhagyására az 1872-es választásokból kipattanó ellentétek miatt határozza el magát. Több hónapot tölt el barátjánál, Bedőházy Jánosnál Szászvesszősön, majd egy Kamerunba induló expedíció megszervezésére és irányítására kap csábító ajánlatot Karl Brunner von Wattenwyltől, az egykor ismert bécsi biológustól. Terveitől Szily Kálmán az MTA főkönyvtárosa, a királyi Természettudományi Társaság titkára, majd elnöke, az MTA későbbi főtitkára téríti el. A műegyetem egykori tanára ugyanis összefogott Frivaldszky Jánossalx, s hogy Hermant itthon tartsa, szerződést ajánlott fel Magyarország pókfauná-jának monografikus feldolgozására.
Herman örömmel kapott az ajánlaton. Kiegészítő jellegű terepmunka elvégzése után 1874 tavaszán visszavonult a Bács megyei Doroszlóra, ahol megírta 1876-ban megjelenő kétkötetes, magyar–német nyelvű művét, amely az egykorú európai szakmai körökben egy csapásra hírnevet biztosított számára. A legmodernebb külföldi módszereket hasznosító munka szakít a fajok hagyományos leírásával. Minden fajnál részletes ökológiai leírást ad, s ezzel sikeresen ülteti át a rovartanba a német Naumann-nak és Brehmnekx az ornitológia területén alkalmazott elveit. A jelenségek komplexitását szem előtt tartva, a pókokat a természet háztartásában elfoglalt helyük alapján, az egymással állandó kölcsönhatásban levő folyamatok szerves, nélkülözhetetlen részeként mutatja be, s az így meghatározott szerepkörből vezeti le szervezeti felépítésük és életmódjuk alakulását. E kiadványunkban szereplő szemelvények a könyv megszületésének körülményeit ismertető s Herman általános közművelődési törekvéseit megfogalmazó Előszóból, és az első kötet harmadik, a pókok életmódját részletesen tárgyaló fejezetéből származnak.
Munkája közben arra is maradt energiája, hogy olvasó egyletet szervezzen a dél-alföldi városban, hogy bekapcsolódjon az ezekben a hónapokban tetőződő országos iparosmozgalomba, s hogy politikai cikkeket írjon a Csernátony által szerkesztett Ellenőr számára.
1875. február végén a Nemzeti Múzeum állattani osztálya segédőrévé nevezik ki. Budapestre költözik, s egyre aktívabb szerepet vállal a politikai életben. Az 1877 végén kibontakozó törökbarát mozgalom élére áll, 1878-ban csatlakozik a Függetlenségi Párthoz, 1879 októberében pedig már Szeged képviselőjeként mutatkozik be a parlamentben, s kezdi meg a dualizmus rendszerét következetesen elutasító, mintegy két évtizedes aktív ellenzéki működését.
Politikusi és szaktudósi tevékenysége mellett nagy energiát fektet tudatosan vállalt tudománynépszerűsítő munkájába. Rendszeresen tartott előadásokat a Természettudományi Társaság ülésein, fontos tanulmányai jelentek meg különböző szakfolyóiratokban, illetve könyv alakban. A 70-es évek vége s a 80-as évek dereka közötti időben született írásai már kiérlelt formában tárják az olvasó elé tudományos, illetve kultúrpolitikai elképzeléseit, melyek normáit nemcsak a maga számára tartotta az értelmes munka elengedhetetlen feltételének, hanem szigorúan számon kérte azokat munkatársaitól is.
Az elmélet és a gyakorlat harmóniájának követelményét megfogalmazva, elsők között hirdette a társadalmi és gazdasági orientáltságú tudományművelés szükségességét.
A társadalmi hasznosság elvét állította középpontba, s a kutatások eredményességének egyetlen mércéjéül a közéletre gyakorolt hatását tekintette. Elvei gyakorlati megvalósításának egyik sikeres példája A filoxéra ügyében címmel 1879-ben megjelent, két részből álló közleménye, mely részletesen mutatja be az Amerikából származó betegség terjedését, s egyben tartalmazza a kór felismerésére és az ellene való védekezésre irányuló javaslatait.
Meghatározó szerepet szánt Herman a tudománynak a nemzeti fejlődés folyamatában is. Elfogadta azt az egykor közhelyként hangoztatott nézetet, mely szerint a „nemzetek jövőjét nem annyira kard, nem annyira a megalkuvás bizonyos hatalmakkal, hanem a tudás, a szellemi hegemónia biztosítja”. A természetben megfigyelt s a társadalmi szférában annyira hiányolt harmónia csodálójaként, s a természeti folyamatokat, törvényeket a társadalomra fenntartás nélkül alkalmazó szociáldarwinista elvek szellemében, a nemzetek közötti „létharc” sikeres megvívása érdekében a tudománytól várta a magyarság történelmi-nemzeti tudatának megerősítését. Annak „egységesítő” hatásától remélte ugyanis, hogy a nemzetiségekkel szemben több évszázadon át biztosított hegemónia hosszú távon is fenntartható, s hogy a természetes asszimilációs folyamat motorjaként az ellentétek végső feloldódását is elősegítheti. A nemzeti tudattól vezérelt tudományművelésben kereste ugyanakkor azokat az eszközöket is, melyekre támaszkodva az ország nemzetközi tekintélyét megalapozhatja, s a nemzeti függetlenség ügyét a különböző fórumokon eredményesen képviselheti.
A társadalmi és a nemzeti fejlődés szempontjait középpontba állító hermani törekvések szervesen illeszkedtek a polgári nemzeti tudományok megteremtésének a 19. század utolsó harmadában kibontakozó folyamatához, s részét képezték azoknak a hazai törekvéseknek, melyek a sok évszázados lemaradás megszüntetését fogalmazták meg programjukként. Hangsúlyoznunk kell, hogy a tudományos és a nemzeti célok összekapcsolásával korántsem fogadta el az egykorú konzervatívok által népszerűsített nemesi-romantikus, a „polgárosodás, vagy nemzetiség”, „tudomány, vagy magyarság” hamis dilemmáját. Elítélte a nemzeti és az egyetemes tudomány demagóg szembeállítását. A hazai demokratikus hagyományok folytatójaként, Bucklex nézeteinek magyarországi népszerűsítőjeként teljes mértékben egyetértett Hunfalvy Pál azon megállapításával, mely szerint: „a tudomány nemzeti hivatását csak az európai látókör, egyetemes értékkategóriák alapján teljesítheti”, s csak úgy biztosíthatja a nemzet jövendőjét, ha az – egyszerre jognak és kötelességnek nyilvánított – közös szellemi munkából részt vállal, s ezzel magát nélkülözhetetlenné teszi.
Elutasította a külföldmajmolást és a provinciális elzárkózást, amivel heves, kétirányú bírálatot váltott ki. Egyesek sovinizmussal, mások a nemzeti érdekek elárulásával vádolták.
Herman világosan látta, hogy az egyetemes folyamatokhoz való kapcsolás érdekében a magyar félnek kell a kezdeményező lépéseket megtennie. E felismerés szellemében hozta létre a Természetrajzi Füzetek-et, melynek az volt a feladata, hogy a magyar tudományos eredményeket terjessze külföldön, a nemzetközi tájékozottságot biztosítsa idehaza, s a nemzetközi kapcsolatok kiépítésében segítsen, A Pulszky Ferenctőlx nélkülözhetetlen támogatást kapó szakfolyóirat válogatásunkban közölt Megnyitó cikke tömören fogalmazza meg azokat a célkitűzéseket, melyeket Herman szolgálni akart. Átfogó képet rajzol ugyanakkor a tervek megvalósításának lehetőségéről is. A művelődést a jólét legfőbb forrásának nevezi, s a legfontosabb feladatok között említi meg az egyetemes és a nemzeti tudomány szerves kapcsolatának biztosítását, amit a füzethez csatolt Revue által kívánt elérni. A nemzeti létért folytatott küzdelem fontos része szerinte a „Magyarország barbárságáról” kialakított „téves vélemény” cáfolata, amivel megszerezhetjük a jogot a „cultur-népek családjához” való csatlakozásra.
Hasonló megfontolások vezérelték a Kolozsvárott eltöltött évek során az „Analyse des Inhalts des Erdélyi Múzeum-Egylet Évkönyvei” című rovat létrehozásában, az 1893-ban született Magyar Ornithológiai Központ kétnyelvű lapja, az Aquila megindításában, valamint nagy jelentőségű pókászati munkájának kétnyelvű megjelentetésében is. A nemzetközi együttműködés megindításában személyes példával járt elöl. Több világhírű természet- és néprajztudóssal tartott fenn kapcsolatot, melynek részleteit kivételesen gazdag s csak részben feltárt, hatalmas levelezése őrzi.
A társadalom megjavítása és a nemzeti fejlődés előmozdítása kettős feladatának megoldásához, valamint az egyetemes munkamegosztásba való bekapcsolódáshoz elengedhetetlen feltételnek tartotta a tudományos közélet demokratizmusának megteremtését, valamint egészséges közművelődési gyakorlat kialakítását. Műveivel elsősorban azt kívánta elérni, hogy a nemzet általános kulturális színvonalát emelje, s a tudományt művelő, illetve az azt befogadó közönség számát gyarapítsa. Már 1865-ben hangoztatta azt a későbbiekben is vezéreszmeként követett véleményt, mely szerint: „…a tudomány igazságai … mindig igazságok maradnak, de gyakorlatilag csak akkor lehetnek üdvösek a nemzetnek úgy szellemi, mint anyagi létére, ha a nemzet minden rétege és osztálya egyaránt és szükségéhez mérten sajátjává teheti, s ha a nemzetnek a szó legtágabb értelmében közvagyonát képezik.”
A népet a tudomány sáncaiba bevezetni óhajtó tervében a nemzeti tudomány tehát nem egyszerűen az egyetemes részeként jelenik meg. Elválaszthatatlanul hozzátartozott a szó jelentéséhez az össznépi, demokratikus törekvések követelése és szolgálata is. Elzárkózott ugyanakkor Herman a programot eredeti tartalmából kifordító, s valódi céljaival ellentétesen felhasználó hivatalos kurzustól, mely az általános művelődésről hangoztatott érveket kizárólag a nemzetiségi lakosság magyarosítása érdekében kívánta fölhasználni.
A felvázolt programot meghirdető elemzések képet nyújtanak a természettudományok művelésének hazai színvonaláról, s leleplezik annak negatív tendenciáit. A Természetrajz – nemzeti szellem című rövid hozzászólásban Herman a természetrajzi irodalomban megnyilvánuló „idegen szellem” miatt kesereg. A kedvezőtlen helyzetért azokat a tudósokat teszi felelőssé, akik kizárólag a külföldi elismerés megszerzésére törekedtek, s egyéni érdekeiket előtérbe helyezve megfeledkeztek nemzeti kötelességükről, a közművelődés állandó fejlesztésének feladatáról. Úgy véli, hogy az állattan Magyarországon „virágházi növényként” vegetál, s gyökeres változást – hivatkozva a francia, az angol, és a svéd példára – a nemzeti szellem felkarolásától s a népi elemekhez való tudatos visszakapcsolástól vár.
A tudományos állattan ügye című cikkében megbírálja a külföldmajmoló, sznob, protekcióra támaszkodó tudósokat, példaképül állítva az önfeláldozó, nagy hivatástudattal rendelkező, a nemzeti célok mellett elkötelezett kollégáikat. Magasra értékelve Földi Jánosx, Frivaldszky Jánosx és Petényi Salamon Jánosx tevékenységét, érdemeit is elismerve bírálja Margó Tivadarx működését, áttekinti a magyar állattani kutatások előzményeit. A megfelelő külföldi vonatkozásokra utalva, tudománytörténeti fordulópontként emeli ki Linnéx munkásságát, annak eredményeit.
Természetrajzi irodalmunk érdekében a Természettudományi Közlöny hasábjain szót emel az egyetemes tudomány szolgálata s a nemzeti közművelődés egymást feltételező kapcsolata érdekében. E célkitűzés megvalósításának nehézségeit fölismerve bírálja a deskriptív iskola képviselőit, akik az egyes állatcsaládok egyszerű leírásában keresik a tudományos tevékenység értelmét; s a meglevő pozitív külföldi tapasztalatokra hivatkozva sürgeti az idegen befolyás visszaszorítása érdekében a magyar nyelvű összefoglaló munkák megírását.
A közművelődés fejlesztésének mindennapi munkájában is oroszlánrészt vállalt. A közönség meghódítása érdekében a száraz szakszerűség helyett az élénken lüktető leírásokkal fűszerezett stílus kialakítására, az egyszerű olvasó számára is érthető tudományos műnyelv megteremtésére törekedett. Álláspontját s egyben a Természetrajzi Füzetek által követett irány lényegét A műnyelv kérdéséhez című tanulmányában ismerteti. A hazai tudományos fejlődés szempontjából oly fontos probléma megoldását kutatva, javasolja a szoros együttműködést a nyelvészekkel, s felhívja a figyelmet a népnyelvben rejlő kiapadhatatlan forrásokra. Egyaránt elveti azokat a törekvéseket, melyek a korábbi, természetellenes formákat gyártó gyakorlatot kívánják folytatni, illetve a tabula rasa megteremtésében keresik a kibontakozás első lépését. Az egészséges fejlődés lehetőségeit a meglévő, használható alapokra támaszkodva vázolja fel. A magyar tudományos nómenklatúra problémájáról elmélkedve Linné binominális (kettős nevű) nómenklatúráját tekinti kiindulási alapnak, s következő lépésnek a régi irodalmi és a népnyelvvel korábban meglévő szerves kapcsolat helyreállítását javasolja. Megfelelő módszertani eljárásnak pedig a rendszeres gyűjtésre alapozott országos méretű összehasonlítást, a szisztematikus eljárást ajánlja.
A közművelődés fejlesztése megfelelő intézményes feltételeket kívánt. Érthető tehát Herman indulatos, kritikus hangvétele, amikor a nemzeti tudomány letéteményesének tekintett Akadémia működését vizsgálja. A Két beszéd című vitairatában, az MTA másodelnöke, Csengery Antalx és Haynald Lajosx kalocsai érsek által elmondott beszédeket bírálja, s a hazai tudományos közéletben tapasztalt negatív tendenciákra irányítja a figyelmet. Bár a munkamegosztás természetéből fakadó központi irányítás megfelelő formáját ő is szükségesnek tartja, az Akadémia merev, despotikus vezetési gyakorlatát elmarasztalja, és a demokratikus igényeket jobban kielégítő, a munkamegosztást jobban szolgáló, már megindult decentralizációs folyamat támogatását szorgalmazza. A tekintélyelvi szempontokat háttérbe szorítva, határozott védelmére kell ugyanakkor az evolucionizmus megtámadott tanainak, s a „pozitív tudás” elsőbbségének elismerése mellett helyet követel a hipotézisek alkalmazása számára is. A tudományos és világnézeti tolerancia követelménye mellett bátran kiálló, azt a társadalmi és a nemzeti fejlődés nélkülözhetetlen feltételének minősítő írás Herman élvezetes, sodró lendületű vitastílusának jellegzetes példája.
A tudományos közélet kibontakoztatásában maga is aktív szerepet vállalt. Hunfalvy Pál 1891. november 30-i halálát követően, amikor a Néprajzi Társaság fennállásának talán legnagyobb válságát élte át, a fejlődésben előttünk járó országokban megvalósult gyakorlatot szem előtt tartva, több vonatkozásban a Természettudományi Társaság példáját követve, a legmodernebb elveket tartalmazó reformtervezetet készít közösen Herrmann Antallal. Az átszervezés sikeres lebonyolítása után, 1892. május 7-én megválasztják a társaság elnökének.
Az 1891-ben Budapesten megrendezett II. nemzetközi ornitológiai konferencia megszervezésekor létrehozott kereteket fölhasználva megalapította 1893-ban a Magyar Ornithológiai Központot, amelynek munkája keretében a madárvonulás országos megfigyelésére korlátozódott, majd a tudományos intézetek sorsát szívén viselő Darányi Ignác földművelésügyi miniszterré történt kinevezését követően a madarak gazdasági szerepének kutatásával bővült. Aktívan részt vett Herman többek között az Országos Állatvédő Egyesület, a tihanyi Biológiai Kutatóintézet s 1905-ben a Magyar Nyelvtudományi Társaság létrehozásában is.
Az Akadémiáról mondott erős bírálatára emlékeztető, kíméletlen fellépés jellemzi Az orvosok és természetvizsgálók nagygyűlése alkalmából közzétett írását, amely az abszolutizmus éveiben pozitív szerepet játszó intézmény szakszerűtlenné és korszerűtlenné, adott formájában egyenesen feleslegessé válásáról számol be.
Herman közművelődési programjának fontos célkitűzései között szerepelt az ember és a természet kapcsolatának megértetése, a természet törvényszerűségeinek feltárása és megismertetése, ezáltal a tudatosan és helyesen cselekvő s így a társadalom hasznos tagjává váló embertípus kialakítása. Az említett elképzelések szolgálatában jelent meg 1879-ben Az állatélet mint munka című tanulmány. A természettudományi estélyeken 1877-ben tartott három előadás szövege rávilágít arra a hermani törekvésre, hogy a természet jelenségeit a nagy összefüggésekben mutassa be. Élvezetes leírásokkal bizonyítja a madarak életmódja, szervezeti felépítése s a természeten belüli egyensúlyt létrehozó munkamegosztásban elfoglalt helye közötti összefüggéseket. Az állatélet megismerését a protoplazmától kiinduló s az ember kialakulásáig tartó evolúciós fejlődés, valamint az emberi lét lényegének megértetéséhez tartja nélkülözhetetlennek. A tanulmány megmutatja a hermani természetfelfogás belső dilemmáit, az emberi cselekvés lehetőségeit és határait kereső, a transzcendencia és a materialista ihletésű elképzelések között ingadozó, élete végéig feloldatlan ellentmondásait. Az átalakulások világáról címet viselő rövid könyvecskében a természettől való elidegenedés és a rovarokat megvető szemlélet ellen hadakozik. A létért való küzdelemből származó romantikus idealizmusnak nevezi azt az elképzelést, hogy az emberek az állatélet felett állnak. A hézag nélküli, fokozatos evolúciós fejlődést leegyszerűsítve, nem vesz tudomást a mennyiségi eltérések mellett jelentkező s azokból következő minőségi különbségekről. A korábbiaknál pesszimistább hangvételű fejtegetés elveti annak a lehetőségét, hogy az ember megismerje önmagát, környezetét és a világegyetemet.
Az említett két tanulmány és a későbbi munkák egyértelműen rávilágítanak a vizsgált felfogás értékeire és hiányosságaira. Bár koncepciójában a dialektikus gondolkodás jegyei többször felbukkannak, spontán materializmusát elsősorban mechanikusság jellemzi, s nem idegenek eszmefuttatásától az idealista mozzanatok sem.
Érdemes felfigyelni a determinizmus értelmezése és a politikai cselekvés lehetőségei közötti összecsengésre. Míg ugyanis Herman magánemberként az egyéni liberális jogok érvényesülését tapasztalhatta (véleményét írásaiban és parlamenti beszédeiben bármikor szabadon kifejthette), a fennálló viszonyok megváltoztatásáért harcoló hivatásos politikusként és alkotó tudósként szembetalálta magát a társadalmi és a nemzeti fejlődés elé leküzdhetetlen akadályokat állító szisztéma abszolutisztikus biztosítékaival. Ezt, a hatni tudás hiányából táplálkozó életérzést vetíti rá, térben és időben végletesen kitágítva, az egész emberiségre, s nyilvánítja az emberi tevékenység minden területén általános érvénnyel bíró, örökké létező törvényszerűségnek.
Hangsúlyoznunk kell, hogy Herman természetfilozófiája, amely eklektikus vonásai és belső ellentmondásai ellenére a haladás irányába mutatott, korántsem szuverén alkotás. Különböző helyeken megjelent, az egyes részproblémákat körüljáró írásainak összefoglalására, az átvett nézetek továbbgondolására felkészültségbeli hiányosságai következtében az autodidakta tudós nem is vállalkozhatott. Kitűzött közművelődési céljának teljesítése ezt nem is tette szükségessé, sőt megengedte, hogy beérje a külföldi forrásokból megismert elméletek sokak számára érthető, népszerűsítő szinten történő ismertetésével.
A pókfaunához hasonló nagy jelentőségű, a nemzetközi tudományos körök figyelmét felkeltő munka megalkotásában ismét Szily Kálmán segítette, amikor 1883. június 28-án Semsey Andor mecénás szerződést kötött vele A magyar halászat könyve megírására. Legmaradandóbb, tudományos értékű, a tárgyi néprajz művelésének hazai alapjait megteremtő kétkötetes munkája az egyes jelenségek komplex megközelítésének egyik legjellemzőbb példája. Áttekintést nyújt a népi halászat évszázadokra visszatekintő történetéről, gazdasági szempontokat érvényesítve elemzi jelenét és jövőjét, helyet biztosít ugyanakkor a népnyelvi kérdések számára is. Megkísérli a teljes magyarországi halászati kultúra bemutatását. Anyagát oly korszerűen osztályozta és rendszerezte, hogy néhány módosítással annak lényegét a szaktudomány máig is megtartotta. A könyvről a külföldi ismertetések is felsőfokon emlékeztek meg. Nem egy szerző tekintette alapnak később munkája megírásakor, mint ahogy nélkülözhetetlen forrásként kezelte a népies halászat műnyelvét vizsgáló Munkácsi Bernát s a magyar halászat történetét már az orosz szakirodalom ismeretében feldolgozó Jankó János.
1887 Herman számára mozgalmas esztendő volt. Megjelent halászati munkája; Turinban járt Kossuth Lajosnál, akinek beszámolt a függetlenségi ellenzéki mozgalom helyzetéről, a tanácsát kérte a felmerült problémák megoldásához. Rövid időre elvesztette parlamenti mandátumát, de még 1888-ban újabb képviselethez jutott Törökszentmiklós körzetében. (Az eset 1892-ben megismétlődik. Ezúttal Miskolc választja meg követének 1893. június 6-án.) A kényszerpihenőt 1888 júniusában norvégiai utazásra használja fel, hogy megvizsgálja a madarak világát, s felkeresse azt a helyet Vardőben, ahol a két magyar tudós: Hell Miksa és Sajnovics János a napfogyatkozást megfigyelte. Útját megszakította Berlinben, és szakmai megbeszéléseket folytatott Virchowval. A német tudós halászati munkájának német nyelvű kiadását sürgette, amire Trefort Ágoston ígéretet is tett, a vállalkozást a miniszter halála azonban megakadályozta. Élményeit és tapasztalatait Az északi madárhegyek tójáról címmel 1893-ban megjelent könyve foglalja össze. Az érdekfeszítő leírások közül választott fejezet egy madárhegy életét tárja az olvasó elé, a sarkköri állatélet törvényszerű sajátosságait (kevés faj, rengeteg individuum, a sokszoros és soknemű tagoltság hiánya) mutatja be.
1893–96 között szinte minden energiáját a millenniumi kiállítás előkészítése, a pásztorok életével és a halászattal foglalkozó rész megtervezése és ez elképzelések kivitelezése kötötte le. Az ősfoglalkozások anyagát a neves tudósokból álló nemzetközi zsűri is őszinte elismeréssel fogadta. A kiállítás tömörített, néhány ponton továbbfejlesztett változata képviselte Magyarországot az 1900-as párizsi világkiállításon. A felvonultatott tárgyak akkora tetszést arattak, hogy a vendéglátók nyomban meg akarták vásárolni, de a magyar kiállítók természetesen nem adták el a gyűjteményt.
A századfordulóhoz közeledve Herman munkáin egyre inkább a fáradtság jelei mutatkoznak. Miközben a korszakváltás okozta problémákkal tehetetlenül birkózva egyre mélyebb ideológiai válságba jut, s az aktív politizálástól is visszavonul, műveiben az oly sokszor megcsodált eredetiség helyét sok esetben az eredetieskedés foglalja el. Bár a hátralevő két évtizedben jelentős eredményeket is produkált még, a Magyarország pókfaunájá-hoz vagy A magyar halászat könyvé-hez hasonlítható mű alkotására már nem volt képes.
Darányi Ignác megbízásából s a Természettudományi Társaság felkérésére írta meg A madarak hasznáról és káráról című könyvét, amely 1901-ben jelent meg, és 1914-ig négy magyar, valamint egy-egy német és angol nyelvű kiadást ért meg. Különleges népszerűségének titka elsősorban az újszerű megközelítésben kereshető, mely a madarat élő organizmusként fogta fel, s különös hangsúlyt helyezett a természet háztartásában betöltött egyensúlyozó szerepének méltatására. A könyv az egykor ismert 334 madáralakból 81-et mutat be, azzal a céllal, hogy megismertesse a földművessel környezetét, s ezzel hozzásegítse munkájának eredményes végzéséhez. Válogatásunk kilenc madár kiemelésével kíván ízelítőt nyújtani.
A tudományos fejlődés, a minőségi továbblépés követelményeinek megfelelni nem tudó Herman egyre gyakrabban bonyolódott vitákba. Közülük a legjelentősebb 1891-ben az Avas-hegy tövében egy ház alapozása közben talált három jellegzetes alakú kődarab körül robbant ki. A leleteket abban ez 1893-ban megjelent, A miskolczi palaeolith lelet című tanulmányában mutatta be, amelyben széles körű szakirodalom-ismeretére támaszkodva külföldi analógiák alapján bebizonyította paleolit eredetüket, s ezzel a pleisztocén kori ősember első magyarországi nyomára figyelmeztetett. A felmerülő bizonytalanságok tisztázása érdekében átfogó geológiai kutatások megindítását javasolta. A szakmai körök azonban féltékenykedéstől sem mentes kétkedéssel fogadták állításait, s bár fellépésük a felsorakoztatott érveket nem cáfolta meg, a sürgetett ásatások megkezdését hosszú évekre megakadályozta. A problémát a koalíciós kormányzat földművelésügyi minisztere, Darányi Ignác mozdította el a holtpontról, amikor Herman kérésére elrendelte a Bükk-hegység geológiai vizsgálatát, a Földtani Intézet pedig megbízta Kadiæ Ottokárt a barlangok kutatásával. Kadiæ Herman tájékoztatása és útbaigazításai alapján látott munkához, s a konkrétan megjelölt Szeleta-barlangban – amelyre Herman egyébként 1873-ban végzett pókkutatásai során figyelt fel – hamarosan rátalált azokra a leletekre, melyek az eredeti álláspontot igazolták. A borsodi Bükk ősembere című tanulmány első része lépésről lépésre haladva foglalja össze a korábbi vita lényegét, bemutatja az elhangzott ellenérveket s azok ellentmondásait; míg a második rész a nagy nemzetközi érdeklődést kiváltó új leleteket és lelőhelyeit írja le.
Újabb szakmai vitához a lehetőséget gr. Zichy Jenő 1895-ös. 1896-os és 1898-as ázsiai expedíciói, a grófnak a magyarok ősei nyomainak feltárását, valamint a hun-magyar rokonságot bizonyítani próbáló fejtegetései szolgáltak. A fentebbi gondolatokat elvetette, s az őshazakutatás elengedhetetlen feltételének az ősfoglalkozások intenzív hazai vizsgálatát nevezte. Míg az említett esetekben Herman egyértelműen a tudományos igazságot képviselte, korántsem mondható ez el következő két polémiájában.
A magyar ház típusának kérdésében a megsértett nemzeti érzésre apellálva támadta Bünker és Jankó álláspontját, amely az 1896-os kiállításon bemutatott anyag alapján a magyar házat felnémet eredetűnek minősítette. A hazai szakmai köröket ellenkezésre hangoló A magyar ősfoglalkozások köréből című könyvében is kifejtett szellemes, de formai egybeesésekre alapozott elemzésében a külső hatásoktól mentes, öntörvényű fejlődésről szóló elméletét igyekszik elfogadtatni. Súlyos ideológiai, módszertani és szakmai tévedések jellemzik a magyarok felsőbbrendűségének bizonyítására szánt, A magyar nép arcza és jelleme című, 1902-ben megjelent munkáját. Az 1902-ben néhány hét alatt elkészített könyvet egyébként válasznak szánta Jankó Jánosnak a Somogy, illetve Zala megyében élő magyarokat ábrázoló fényképgyűjteményére, melyet a párizsi világkiállítással egybekapcsolt XII. nemzetközi antropológiai és archeológiai kongresszuson mutatott be.
Az idő múlását egyre erősebben érző Herman görcsösen törekedett folyamatban levő munkálatai befejezésére. Így került sor közbülső kutatásai eredményeit összefoglaló, az állattartással foglalkozó, Előtanulmányok. A magyarak nagy ősfoglalkozása című kötete kiadására 1909-ben. Utolsó munkája, az óriási népnyelvi anyagot feldolgozó A magyar pásztorok nyelvkincse halála évében, 1914-ben jelent meg.
Herman Ottót egyszerre több tudományág vallja magáénak. Pályafutása arra, a magyar tudományok fejlődésében korszakfordulót jelentő átmeneti periódusra esik, amikor a nemzetközi méretű specializálódás által felvetett követelmények Magyarországon is jelentkeztek, és napirendre tűzték számos tudományág megalapozásának feladatát. A munkamegosztás előrehaladásával együtt fokozódó szakmai igények azonban egyelőre még nem zárták ki annak lehetőségét, hogy a kor tudósa egyszerre több területen is elismert szakemberré váljék. Bár a sokirányú érdeklődésből következő elfoglaltság, talán túlságosan is feszes munkatempó Hermant több esetben megakadályozta abban, hogy a felmerült problémákat következetesen végiggondolja, hogy bizonyos témakörökben tovább mélyítse ismereteit, ebből származó felületes megállapításai, olykor tévedései ellenére művei nem egy esetben nemzetközi mércével mérve is maradandó értékű alkotások. Enciklopédikus jellegű látásmódja, az egyes tudományágak összefonódását szem előtt tartó módszertani törekvései ugyanakkor több esetben kifejezetten ösztönző hatással voltak az egyes szakkérdések megközelítésében, közelebb segítették egyes részproblémák megoldásához.
Működésének eredményeit máig is érvényes megállapítások, helytálló állásfoglalások, nélkülözhetetlen alapmunkaként kezelt monografikus feldolgozások jelzik, melyeknek jelentőségét a közművelődés szintjének emelése érdekében kifejtett hatásos tevékenysége növeli. A nemzeti és az egyetemes fejlődés összefüggéseit középpontba állító kultúrpolitikai koncepciója nemcsak saját idejében számított modern, korszerű programnak, mondanivalója máig is megőrizte aktualitását.