Háromféle jegyzetfajtával dolgozunk. A szövegkritikai jegyzetek közvetlenül, a lapok alján kísérik a szöveget: index-számokkal jelölik a szövegmagyarázatokat (sajtóhibák, kihagyások, felesleges vagy értelmetlen kifejezések, következetlen őrszavak stb.) s a fejezetenként változó élőfejeket, emellett pedig az idegen nyelvű kifejezések és betétek fordításaira utalnak. Az eredeti nyomtatványok hibás alakjait e lapalji szövegkritikai jegyzetekben tüntetjük fel, a főszövegben pedig archaizáló emendációt hajtunk végre: a nyomtatvány sajátosságainak megfelelően rekonstruáljuk a helyes alakot (pl. Europica Varietas [= Szepsi Csombor Márton: Evropica Varietas… Kassa 1620. RMK [= Szabó Károly-Hellebrant Árpád: Régi magyar könyvtár… I-III. köt. Bp. 1879-1898.]I. 500.] 105: neuü, s a lábjegyzetben a hibás alak: neü stb.). A klasszikus idézeteknél, bibliai citátumoknál lelőhelyet is adunk. Általában műfordítást idézünk, de – amennyire lehetséges – arra törekszünk inkább, hogy a fordítandó kifejezés minél hívebb XVII. századi magyar alakját és jelentését tolmácsoljuk. Ezért szólaltatjuk meg sűrűn Baranyai Decsi [= Tardy Lajos: Baranyai Decsi Czimor János Hodoeporiconja /1587./ FK [= Filológiai Közlöny] 1965. 359-371.] szólásgyűjteményét és főleg Szenci Molnár szótárait. Ha a szöveg úgy kívánja, idézzük ezeket még a világosabb értelmet adó modern megfelelés mellett is. Ahol viszont Szepsi Csombor maga is ad fordítást, ott nem szaporítjuk tovább a jegyzeteket; nem fordítunk közismert fordulatokat, szavakat, s ugyanazon kifejezés második előfordulásakor már csak az esetben adunk magyarázatot, ha az elsőhöz képest jelentése megváltozott.
A szöveg magyarázatát és a források felderítését szolgáló tárgyi jegyzetek a bevezető tanulmánnyal együtt használandók; egy részüket kénytelenek voltunk ott szerepeltetni. (A bevezető különben technikailag megnehezítette munkánkat: az átfedések elkerülésére kínosan ügyeltünk – egyezés csak néhány elkerülhetetlen esetben fordul elő –, s ugyancsak szándékosan mondtunk le az előre– és visszautalásokról. Ahogy tehát a bevezetőben nem utaltunk a tárgyi jegyzetek anyagára, a tárgyi jegyzeteknél sem utasítjuk az olvasót hivatkozással a bevezetőhöz. A kötet teljes anyagának ismeretében mindez nem okozhat nehézséget.) A tárgyi jegyzeteket úgy különítjük el, hogy a kiadványok eredeti lapszámait – külön sorban, kurzív kiemeléssel – megismételjük, s az így képződő egységen belül bekezdésekkel választjuk el a magyarázandó problémákat. (Az Europica Varietas [= Szepsi Csombor Márton: Evropica Varietas… Kassa 1620. RMK [= Szabó Károly-Hellebrant Árpád: Régi magyar könyvtár… I-III. köt. Bp. 1879-1898.]I. 500.] és US [= Szepsi Csombor Márton: Vdvari Schola… Bártfa 1623. RMK I. 527.] rövidítések után álló kurzivált lapszámok viszont nemcsak a főszöveg, hanem elsősorban a tárgyi jegyzetek megfelelő helyére utalnak.) E bekezdések vagy a jegyzetet kívánó fogalom betűhív megismétlésével kezdődnek, mely esetben = jel után következik a magyarázat, vagy a magyarázó szöveg első mondata tartalmazza a kommentálandó problémát. A tárgyi jegyzetekben közismert személyeket, mitológiai alakokat stb. nem magyarázunk. A jegyzetapparátus tagolására feltüntetjük az Europica Varietas [= Szepsi Csombor Márton: Evropica Varietas… Kassa 1620. RMK [= Szabó Károly-Hellebrant Árpád: Régi magyar könyvtár… I-III. köt. Bp. 1879-1898.]I. 500.] fejezeteinek és az US [= Szepsi Csombor Márton: Vdvari Schola… Bártfa 1623. RMK I. 527.] intéseinek címeit, az Europica Varietas [= Szepsi Csombor Márton: Evropica Varietas… Kassa 1620. RMK [= Szabó Károly-Hellebrant Árpád: Régi magyar könyvtár… I-III. köt. Bp. 1879-1898.]I. 500.] esetében pedig a hosszabb városleírásokat is (Dancka, Amszterdam, London, Párizs, Prága) különválasztjuk.
Az US [= Szepsi Csombor Márton: Vdvari Schola… Bártfa 1623. RMK I. 527.] nagy bőségben sorjázó bibliai idézeteinek elkülönítése külön jelölési módot kívánt. Erre az abc betűit alkalmaztuk, a szövegkritikai jegyzetekkel párhuzamosan kísérve végig az egyes intéseket. A bibliai helyek azonosítására a Vulgata szövegét, illetve a Káldi-féle fordítást kellett használnunk. Protestáns szerzőről lévén szó, kézenfekvőbbnek látszanék a protestáns bibliaváltozat használata, a következetes jelölés szüksége azonban ezt a megoldást írta elő. Szepsi Csombor citátumai a Vulgatához állnak közelebb, sőt, azokat a könyveket is szívesen idézi, melyek csak ebben találhatók (3-4. Ezdr., Judit, Bölcs., Sir., Dán. 13., 1-2. Mak. stb.). A mindkét variánsban fellelhető verseket pedig hol a katolikus hol a protestáns kiadás számaival jelöli. Ennek következtében megesik, hogy az olvasó más adatot talál a szövegben, mint a bibliai locust megadó jegyzetben, amit azonban a másik variáns használata sem küszöbölt volna ki, s még megterhelte volna az apparátust egy sereg, bibliai helynek aszerint nem minősíthető forrás jelölésével.
Valamennyi jegyzetfajtánál igyekeztünk egységesíteni a hivatkozási rendszert: az egynástól pontokkal elválasztott számok sorrendje értelemszerűen a könyv, fejezet, lap (hasáb), sorszám, illetve sor jelölésére szolgál.