Ez a kor nálunk is nemcsak a dúló török háborúk, de a sok pártviszály és felekezeti harc ideje.
Mégis épen e nehéz viszonyok között, midőn hazánk szét volt darabolva, nagy része török uralom alatt, a meglevő rész pártokra szakadva, vitákba és viszályokba merülve, jutott Pázmány Péter, ez a rendkívüli egyéniség, korának egyik legkiválóbb alakja, arra az elhatározásra, hogy magyar egyetemet alapít. Erre a célra elsősorban azt az összeget szánta, amellyel neki a király római útjának költségei fejében tartozott. Ez 40.000 forint volt. Ehhez hozzáadott 20.000 forintot, melyet később 60.000 forintra egészített ki. Ezt a 60.000 forintot fegyveres kísérettel Bécsbe, a Jézus Társaság házába vitette.[31]
Voltaképen érseki székhelyén, Esztergomban óhajtotta az egyetemet fölállítani. De Esztergom török megszállás alatt állott, az ő székhelye is, a káptalané is Nagyszombat volt. Egy ideig habozott, hol állítsa fel az egyetemet, Pozsonyban vagy Nagyszombaton, s végül Nagyszombatot választotta, de alapító-levelében kimondotta, hogyha az ország a török járom alól fölszabadul, az egyetem az esztergomi egyházmegye területén lévő más városba is áthelyezhető.
Pázmány az egyetem vezetését a Jézus Társaságra bízta, s így tanárai a Jézus Társaság tagjaiból kerültek ki, mint ahogyan ebben az időben külföldön is a legtöbb katholikus egyetemen történt.
Az egyetemet Pázmány Péter kérésére II. Ferdinánd az 1635. október 8-án kiadott szabadalomlevelével megerősítette, s mindazokkal a jogokkal és kiváltságokkal fölruházta, melyekkel a német birodalmi és örökös tartománybeli, nevezetesen a kölni, a bécsi, mainzi, ingolstadti, prágai, olmützi és gráci egyetemek élnek.[32]
A nagyszombati egyetem azonban egyelőre csak theológiai és filozófiai karból állott, jogi és orvosi kara nem volt, s ezért a pápa vonakodott is fölruházni az egyetemek kiváltságaival. De erre nem volt egyelőre szükség, mert a Jézus Társaság pápai kiváltságainál fogva saját tagjainak és ezek tanulóinak a hittudományból és a bölcsészetből akadémiai fokozatokat egyetemek módjára adományozhattak.[33]
A hittudományi karhoz az 1667. évben a jogtudományi járult.[34] Az orvosi kart Mária Terézia állította föl 1769. november 7-én kelt elhatározásával, midőn az egyetemet újjászervezte, s tanszékeit megszaporította. Az egyetem ezzel teljessé lett, s új szabályzatot kapott, melynek alapján az 1770-71. tanévre először választottak dékánokat és rectort. Az orvosi kar még Nagyszombaton megkezdte működését, öt tanszék volt a karon rendszeresítve.[35] De az orvostudomány ügye még nagyon gyöngén állt. A városi kórházban csak néhány beteg állt a tanár rendelkezésére, s bár Mária Terézia két betegszoba fölállítására a költségeket engedélyezte, még 1776-ban is panaszolja a gyakorlati orvostan tanára, hogy nincs kórodája,[36] 1783-ban a kóroda 16 betegre volt berendezve, 8 férfi, 8 nőbetegre. A bővítésre vonatkozó kérelmet azzal utasították el, hogy Bécsben még mindig csak 6 férfi és 6 nőbeteg áll céljára rendelkezésre.[37]
XIV. Kelemen pápa 1773-ban a Jézus Társaságot feloszlatta, s ennek következtében az egyetem hit- és bölcsészettudományi karain a tanítást többé nem láthatta el, a királyné e tanári állásokra pályázatot hirdetett. A hittani tanszékekre 39-en, a bölcsészetiekre 38-an pályáztak. Ezzel szemben az egyetem elveszítette eredeti jellegét, s egészen az állam rendelkezése alá került.
Mint ismeretes, Mária Terézia a Ratio kibocsátásával, mellyel a közoktatásügyet állami üggyé tette, egyúttal az egyetemet Budára helyezte át. Budáról azután 1784-ben II. József intézkedésére Pestre került az egyetem, s 1921 óta mint budapesti Pázmány Péter-egyetem működik.