Íme, látjuk az egyetemek fejlődésének kezdetét, magyar szempontból nézve az európai egyetemek kialakulását.
Az egyetem mai eszméje azonban csak az újabb fejlődés eredménye. Benne van ugyan az egyetem e kezdeti állapotában is már a mai eszme csírája, de csak a csírája.
Az egyetem e kezdeti állapotában voltakép állami magasabb funkcionáriusok kiképzését szolgálja, a tudománnyal, melyet tanít, azt akarja elérni, hogy a legmagasabb állások betöltői a legkiválóbbak, a legtudósabbak legyenek. Négy fakultásra való osztása is a négy legfontosabb szellemi pálya szerint alakult. Papokat, jogászokat, azaz állami tisztviselőket és ügyvédeket, orvosokat és tanárokat akart kiképezni.
A papoknak ugyan nem kellett egyetemet végezniök, de a pápák kedvezményekkel előmozdították azt, hogy a papok egyetemet látogassanak, a már működő papoknak megengedték, hogy javadalmuk megtartása mellett egyetemre járjanak, s az állások betöltésénél a graduáltakat előnyben részesítették.
A reformáció után, a viszályok korában, a német egyetemek lesüllyedtek, nagy részük helyi, tartományi (Landes-universität) lett, azzal a céllal, hogy az illető tartomány számára papokat és hivatalnokokat képezzen, sőt az utóbbiakra nézve a helyi egyetem látogatását kötelezővé tették, amivel a diákok külföldi egyetem-látogatásának gátat vetettek.[38]
Ily körülmények között a tudomány inkább az egyetemen kívül virágzott, s az újkori gondolkodás megindítói nem egyetemeken működtek, sőt vonakodtak egyetemi tanári állásokat vállalni, mert a kutatás szabadságában magukat korlátoztatni nem akarták. Igy Descartes nem volt egyetemi tanár, Leibniz nem akarta a neki felajánlott egyetemi tanári állást elfogadni, Spinoza, az egyszerű gyémántköszörűs, visszautasította a heidelbergi egyetem meghívását, mert gondolkozásának szabadságát féltette.[39]
Ismeretes a türelmetlenség, mellyel e korban az egyetemen a másként gondolkozókat üldözték. Pl. Sturm János pedagógusnak, aki szabadabban gondolkozó humanista volt el kellett hagynia Strassburgot, s helyét átengedni Marbach és Pappus evang. lelkészeknek.
Az első modern egyetemnek Halle-t tartják, melyet III. Frigyes alapított 1694-ben. Ez az egyetem elvben kimondta a tanítás és kutatás szabadságát, meghívta a Lipcséből kiutasított Christian Thomasius, a racionalista irányú jogtanárt és Francke Hermann Ágoston pietista theológust.
De azért Halleban sem uralkodott jobb szellem, mert a pietisták vádjaira I. Frigyes Vilmos király Christian Wolffot a német felvilágosodás filozófusát megfosztotta tanári állásától, s kötél általi halálbüntetés terhe mellett kötelezte, hogy az országot 48 órán belül hagyja el.
E tekintetben a mi magyar egyetemünk sem állott jobban. A budapesti egyetem történetében olvashatjuk, hogy Pozsony megye rendei 1790-ben följelentést tettek Kreil Antal bölcsészettanár ellen, azon a címen, hogy vallásellenes tanokat hirdet.[40]
De egyébként is a tanítás anyaga és szelleme meg volt szabva, s a tankönyvek is ki voltak jelölve.[41]
Az egyetemek ebben az időben nem azok többé, mik a fejlődés kezdetén voltak, de még nem azok, amikké a XIX. század őket tette. Ezt a korszakot az egyetemek szomorú korszakának kell tekinteni.